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Título : DFT-based investigation of the electronic structure of a double-stranded AC B-DNA dimmer at different levels of theory
Autores: Rengifo, Emerson A.
Murillo, Gustavo
Palabras clave : DFT calculations
B3LYP functional
PBE0 functional
Stacked systems
Fecha de publicación: 28-jun-2013
Resumen: Calculations of the electronic structure of a stacked dimmer sequence from the D-(GCAAACGTTTGC)2 B-DNA dodecamer resolved in a PDB file 1HQ7 are performed within density functional theory. Seeking to understand the minimum level of theory that yields a reliable description for these systems, the basis sets 6-31g*, 6-31g*+BSSE, 6-311g*, 6-311g**, 6-311++g** along with the B3LYP and PBE0 exchange-correlation functionals were employed. These results are then used to implement a one-dimensional model of long stacked systems to obtain a new semi-empirical method that can be employed at low computational cost.
URI: http://hdl.handle.net/10893/4423
Aparece en las colecciones: Vol. 16, 2012 / Revista de Ciencias

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