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Análisis bioinformático de los eventos fractales relacionados con fenómenos epigenéticos del genoma humano en la integración de los lentivirus.

Alzate Rincón, Lina Andrea (Universidad de ValleColombiaFACULTADES DE CIENCIAS NATURALES Y EXACTASQUÍMICA, 2014)

La integración retroviral del VIH en el genoma humano es uno de los procesos más complejos en el estudio de la dinámica estructural y funcional del virus durante la progresión de la enfermedad. Uno de los principales ...
Análisis sistémico de la expresión diferencial de 38 genes localizados en la región crítica del síndrome de Down (DSCR) en el cerebro humano.

Fajardo Colorado, Myriam Dianora (Universidad del ValleColombiaFACULTADES DE CIENCIAS NATURALES Y EXACTASBIOLOGÍA, 2012)

El presente estudio buscó correlacionar los niveles de transcripción de 38 genes localizados en la región crítica del cromosoma 21, asociada a Síndrome de Down, con la localización cerebral y su intervención en el correcto ...
Caracterización de las glicoproteínas de una cepa de virus respiratorio sincicial aislada en Cali.

Parra, Beatriz; Borrero, Isabella; García Vallejo, Jesús Felipe (2014-02-07)

Se empleó un aislado de virus respiratorio sincicial de un niño de dos meses de edad que presentó el primer episodio de infección aguda en un estudio longitudinal efectuado en Cali (1986-1990), para caracterizar molecular ...
Complejidad de las redes de interacción en genes asociados a preeclampsia.

Rodríguez Ortiz, Alejandra (Universidad del ValleColombiaFACULTADES DE CIENCIAS NATURALES Y EXACTASBIOLOGÍA, 2014)

El propósito de este estudio fue identificar genes expresados en placentas preeclámpticas por medio de la construcción de una red de expresión, utilizando valores de intensidad colectados de una plataforma de microarreglo ...
Construcción de Genetecas del Adenovirus Humano Serotipo 3.

García Vallejo, Jesús Felipe; Gallego B., Gerardo; Borrero, Isabella (2013-08-09)

Reportes previos han presentado protocolos para la construcción de genetecas de algunos serotipos de adenovirus. Actualmente es posible tener colecciones de genes de los adenovirus 2, 6, 8 y algunos serotipos del sub-genero ...
Construcción de un modelo de interacción genético-metabólico basado en análisis bioinformático y correlaciones clínico-moleculares para la preeclampsia.

Satizábal Soto, José Maria (2019-10-22)

La Preeclampsia es la principal causa de morbimortalidad materna en el país -causando más del 42% de muertes- y permanece como una de las principales mundialmente. Es por este gran impacto que genera la PE y por su carácter ...
"Construcción de un modelo sistémico del proceso de integración lentiviral".

García Vallejo, Jesús Felipe; Sánchez, Adalberto; Domínguez, Martha Cecilia; Salcedo Cifuentes, Mercedes; Montoya, Julio César (2018-08-23)

La integración de los lentivirus en el genoma humano es uno de los procesos más complejos en el estudio de la dinámica estructural y funcional del virus durante la progresión de la enfermedad. Uno de los principales problemas ...
Construcción y expresión de una proteína recombinante de la envoltura del virus linfotrópico humano tipo I (HTLV-I).

Ordóñez, Paula; Cerón, Flavio; García Vallejo, Jesús Felipe (2014-01-22)

El virus linfotrópico humano tipo I de las células T (HTLV-I) es un oncorretrovirus asociado con la leucemia de células T adultas (ATL) y la Paraparesia Espástica Tropical (PET). El gen env del virus codifica la glicoproteína ...
"Dinámica y significado de la integración simultánea de provirus del VIH-1 y del HTLV-I en linfocitos de sujetos doblemente infectados..".

García Vallejo, Jesús Felipe; Domínguez, Martha C.; Salcedo Cifuentes, Mercedes; Flórez, Ofelia; Díaz, Diane; Soto, Juliana; Peña, Ángela Viviana (2018-08-23)

En este trabajo, por primera vez, a partir tanto de los datos de monointegración como de la simulación bioinformática de la cointegración VIH-1/HTLV-1 combinada y analizada en forma integral, se demostró la hipótesis de ...
Estudio de la seroprevalencia de la infección por los virus linfotrópicos humanos (HTLV) I y II en poblaciones del departamento de Córdoba, Colombia.

Quintana, Milton; Villalobos, Julio; Domínguez, Martha Cecilia; Tamayo, Oscar; García Vallejo, Jesús Felipe (2013-12-02)

Introducción: Se determinó la seroprevalencia de los virus linfotrópicos humanos tipos I y II (HTLV-I y II) en varios municipios del Departamento de Córdoba. Materiales y métodos: Se analizaron 962 muestras de suero ...
Fisiología cromosómica, síntesis de proteínas y ácido ribonucléico en las glándulas salivares de Rhynchosciara Millery Diptera (Sciaridae).

García Vallejo, Jesús Felipe; Domínguez, Martha Cecilia (2013-06-28)

Se han estudiado algunas características citológicas y bioquímicas delas glándulas salivares de R. millery. entre los parámetros escogidos para la realización de este trabajo se consideraron: Eventos de apertura y cierre ...
Genomic study of the critical region of chromosome 21 associated to Down syndrome.

Montoya, Julio César; Soto, Juliana; Satizábal, José María; Sánchez, Adalberto; García Vallejo, Jesús Felipe (2011-11-10)

Introduction: Previous reports have identified a region of chromosome 21 known as Down ayndrome critical region (DSCR) in which the expression of some genes would modulate the main clinical characteristics of this pathology. ...
La genotipificación y fenotipificación de la resistencia del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) a los fármacos antirretrovirales.

García Vallejo, Jesús Felipe; Domínguez, Martha Cecilia (2014-01-14)

En diciembre de 2002 existía en el mundo 42 millones de personas infectadas por el virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1). Cómo se ha llegado a esta cifra, es una de las preguntas que tiene como base de ...
La genómica nutricional : un nuevo paradigma de la investigación de la nutrición humana.

García Vallejo, Jesús Felipe (2013-12-02)

La relación entre la dieta y la salud es un hecho que ha sido ampliamente demostrado; sin embargo, existe un interés creciente en cuáles de los componentes de la dieta son biológicamente activos y cómo ellos ejercen su ...
Global differential expression of genes located in the Down Syndrome Critical Region in normal human brain.

Montoya, Julio César; Fajardo, Dianora; Peña, Angela; Sánchez, Adalberto; Domínguez, Martha Cecilia; Satizábal, José María; García Vallejo, Jesús Felipe (2015-02-10)

Background: The information of gene expression obtained from databases, have made possible the extraction and analysis of data related with several molecular processes involving not only in brain homeostasis but its ...
Inmunogenicidad diferencial de dominios de las glicoproteínas de la envoltura del HTLV-I.

García Vallejo, Jesús Felipe; Balcázar Morales, Norman (2014-02-07)

Mediante inmunoblot se evaluó la reactividad de las glicoproteínas en diferentes regiones de la envoltura viral de anticuerpos presentes en el suero de individuos seropositivos para HTLV-I provenientes del municipio de ...
Metilación CpG en la región crítica del síndrome de down (DSCR).

Vinasco Pacheco, Karla Alexandra (Universidad del ValleColombiaFACULTADES DE CIENCIAS NATURALES Y EXACTASBIOLOGÍA, 2014)

La metilación CpG en el ADN es un mecanismo epigenético implicado en la regulación de la expresión génica, cuyos patrones son específico para cada tipo de tejido, y su conocimiento resulta importante para el entendimiento ...
Microagregación genética y geográfica de aislados del virus linfotrópico humano tipo I (HTLV-I) en zonas endémicas del suroccidente de Colombia.

García Vallejo, Jesús Felipe; Chávez, Mónica; Domínguez, Martha Cecilia; Blank, Abraham (2014-01-30)

Con el objetivo de definir el polimorfismo de patrones de restricción (RFL) para la endonucleasa de restricción DdeI, de la región del HTLV-I de los 5181 a los 6624 nucleótidos, se amplificó un segmento de 1033 bp que ...
Obesidad y niveles de leptina en mujeres embarazadas, en el posparto, en sus hijos y análisis bio-informático de genes asociados a obesidad.

Echandía Alvarez, Carlos Armando (Universidad de ValleColombiaFACULTAD DE SALUDDOCTORADO EN CIENCIAS BIOMÉDICAS, 2015)

Introducción. La obesidad es una enfermedad inflamatoria crónica, una pandemia y factor de riesgo para enfermedades metabólicas como la diabetes mellitus, hipertensión arterial, síndrome metabólico y muchos tipos de cáncer. ...
Síntesis de Proteínas en el Cuerpo Graso de Spodoptera fragiperda (LEPIDOPTERA : Nocfcuidac).

García Vallejo, Jesús Felipe; Morante, Marcial (2013-06-28)

Con el objetivo de estudiar la Síntesis de Proteínas en el Cuerpo Graso de Spodoptera fragiperda (LEPIDOPTERA: Nocfcuidac) realizamos ecperiencias de incorporación de un -- con Leurana --en cuerpos grasos de pupas y hembras ...

Envíos recientes

Análisis bioinformático de los eventos fractales relacionados con fenómenos epigenéticos del genoma humano en la integración de los lentivirus.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2014

La integración retroviral del VIH en el genoma humano es uno de los procesos más complejos en el estudio de la dinámica estructural y funcional del virus durante la progresión de la enfermedad. Uno de los principales problemas en el estudio de la integración es la existencia de muchos sitios calientes ("hotspot"), de preferencia viral y la razón por la que el virus prefiere estas zonas es aún desconocida. La evidencia actual muestra que la integración de cADN lentivirus no es al azar, ya que algunas condiciones topológicas de la cromatina interfásica son importantes para determinar el "nicho" genómico para integrarse. Estudios previos han demostrado que la multifractalidad a lo largo del genoma humano ésta relacionada con el contenido de elementos Alu y la estabilidad del genoma. Esto es debido que las regiones de baja y media multifractalidad, de baja estabilidad genómica, son más susceptibles de exhibir efectos epigenéticos-ambientales, mientras que las regiones de alta multifractalidad, más estables, estarían relacionadas con efectos genéticodeterministas. Dado que el VIH es un agente exógeno al genoma, se predice que los sitios de integración del VIH estarían relacionados con valores de baja y media multifractalidad y por ende de baja estabilidad genómica. El objetivo de la presente investigación es poner a prueba el modelo multifractal propuesto versus la integración del VIH.

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Análisis sistémico de la expresión diferencial de 38 genes localizados en la región crítica del síndrome de Down (DSCR) en el cerebro humano.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2012

El presente estudio buscó correlacionar los niveles de transcripción de 38 genes localizados en la región crítica del cromosoma 21, asociada a Síndrome de Down, con la localización cerebral y su intervención en el correcto funcionamiento de diferentes subestructuras cerebrales. Para ello se construyeron los perfiles de expresión de éstos genes a lo largo de 24 subestructuras de los Núcleos Cerebrales y 18 del Lóbulo Límbico, a partir de datos de expresión génica provenientes de experimentos de microarrays de ADN, disponibles en la base de datos del proyecto cerebro humano del Atlas del Cerebro del Allen Institute for Brain Sciences. Se determinó una expresión diferencial de estos genes a lo largo de las estructuras analizadas, además de registrar mayores niveles de transcripción global en ciertas áreas del cerebro, las cuales parecen estar asociadas con diversos procesos de aprendizaje y memoria. Se correlacionó la transcripción diferencial con la localización cerebral y su potencial papel funcional.

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Caracterización de las glicoproteínas de una cepa de virus respiratorio sincicial aislada en Cali.

Parra, Beatriz | 2014-02-07

Se empleó un aislado de virus respiratorio sincicial de un niño de dos meses de edad que presentó el primer episodio de infección aguda en un estudio longitudinal efectuado en Cali (1986-1990), para caracterizar molecular y antigénicamente las glicoproteínas virales que son importantes en los mecanismos de inmunopatogénesis en la infección respiratoria aguda generada por este tipo de virus. La caracterización electroforética de proteínas radiomarcadas in vitro con [3H]-Glucosamina permitió evidenciar las bandas de 98, 70, 30 kd como glicoproteínas que hacen parte de la envoltura del virus. La gp 70 es importante en la inmunopatogénesis porque aparece como efecto de protección de tipo IgG transmitida pasivamente por la madre. Se pudieron localizar dos sitios para la proteasa V8 en la gp70 aislada de ambas cepas. La F1 es una de las subunidades comprometidas en la generación de una respuesta inmune de tipo neutralizante determinada en sueros de la fase aguda y en hiperinmunes de conejo. Se demostró la similitud antigénica y estructural de la cepa Cali-0015 con la cepa de referencia Long. An isolate of respiratory syncytial virus obtained from a two months old child with acute respiratory infection included into an epidemiological study performed in Cali (1986-1990), was used to characterize by molecular and immunological methods the viral glicoproteins that play important role in the mechanism of immunopathogenesis of respiratory infection caused by this kind of virus. The characterization of in vitro radiolabeled proteins with 3H-Glucosamine by electrophoresis, revealed glicoproteins of 98, 70, and 30 kd as structural components of viral envelope. Gp70 is immunopathogenically important because it exerts an IgE mediated protection passively transmitted by the mother. It was possible to characterize two protease V8 sites on the gp70 that were similar in Cali and Long viral strains. By immunoblot analysis, the F1 subunit of gp70 showed an important role in neutralizing immunoresponse in acute phase of human sera and hyperimmune sera from rabbits. Taken together results obtained showed the antigenic and structural similarities between the Cali and Long strains.

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Complejidad de las redes de interacción en genes asociados a preeclampsia.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2014

El propósito de este estudio fue identificar genes expresados en placentas preeclámpticas por medio de la construcción de una red de expresión, utilizando valores de intensidad colectados de una plataforma de microarreglo depositada en la base de datos Gene Expression Omnibus. Se caracterizó la cromatina asociada a estos genes, realizando un paseo cromosómico en ventanas de 100Kpb alrededor de cada gen, empleando recursos del Genome Browser y de la base de datos National Center of Biotechnology Information. Se encontró Ominancia de las secuencias Alu, MIR, SINE y LINE, sin embargo no se encontraron diferencias significativas al comparar las regiones upstream y downstream de cada gen. La red mostró a los genes EBI3, ENG, PVRL4, TGFß1, INHBA, FSTL3, HTRA1 y KRT19, como expresados altamente en placenta preeclámptica. Las categorías ontológicas de la red corroboraron la asociación de estos genes con Preeclampsia, sin embargo, estudios posteriores donde se determinen las causas exactas de estas altas expresiones en placentas preeclámpticas son requeridos.

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Construcción de Genetecas del Adenovirus Humano Serotipo 3.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2013-08-09

Reportes previos han presentado protocolos para la construcción de genetecas de algunos serotipos de adenovirus. Actualmente es posible tener colecciones de genes de los adenovirus 2, 6, 8 y algunos serotipos del sub-genero 1). Sin embargo no se reporta en la literatura ninguna geneteca de adenovirus humano serotipo 3. En este proyecto se llevó a cabo la clonación del genoma del adenovirus serotipo 3 GB en dos distintos vectores de clonación: el plásmido pBR'322 y el pUC13CAT, también se efectuó la identificación mediante endonucleasas de restricción, de segmentos de Hind III de Ad3 clonados.

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Construcción de un modelo de interacción genético-metabólico basado en análisis bioinformático y correlaciones clínico-moleculares para la preeclampsia.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2019-10-22

La Preeclampsia es la principal causa de morbimortalidad materna en el país -causando más del 42% de muertes- y permanece como una de las principales mundialmente. Es por este gran impacto que genera la PE y por su carácter complejo, que se hace necesaria una visión bioquímica, molecular y genómica integral, que permita explicar la patogénesis de la enfermedad y provea herramientas para su diagnóstico precoz. En este trabajo se construyó un modelo genético-metabólico de PE, basado en una simulación computacional y correlaciones clínico-moleculares. Para validar este modelo se tomaron 100 muestras de sangre periférica de dos grupos de mujeres embarazadas que ingresaron al servicio de Obstetricia del HUV: el primer grupo, de 50 muestras correspondientes a mujeres diagnosticadas con PE de acuerdo con los criterios internacionales, y el segundo grupo, formado por 50 con embarazo normal como controles. Se midieron los niveles sanguíneos de HCy y folatos mediante inmunoensayo de fluorescencia polarizada, y el perfil lipídico, Ácido Úrico, PCR y ACA mediante espectrofotometría. Se determinaron diferencias estadísticamente significativas para los niveles de PCR, Ácido úrico y ACA, siendo mayores en el grupo de mujeres con PE. En el estudio genómico de PE, mediante una simulación computacional, se analizaron niveles de expresión en placenta, de genes asociados a PE utilizando el z-score y sus interacciones proteicas. Para ello se aplicaron las redes de interacción, empleando el programa Cytoscape 3.2. De ésta se extrajeron los procesos biológicos más probables de la red; además se comparó la cromatina asociada a estos genes empleando recursos del NCBI y del Genome Browser UCSC. De los resultados derivados de éste análisis, se lograron identificar las proteínas codificadas por los genes ENG, LEP, TGFB1, NDRG1 y BCL6 como posibles biomarcadores de expresión en PE, además de confirmarse la angiogénesis alterada y apoptosis incrementada como unos de los procesos biológicos más afectados en el desarrollo de la enfermedad. Desde el enfoque sistémico, se compararon 76 muestras de mujeres preeclámpsicas y 96 de controles, extraídas de los datos de transcripción global de 14 mil genes consignados en el GEO a partir de experimentos con micromatrices de DNA.

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"Construcción de un modelo sistémico del proceso de integración lentiviral".

García Vallejo, Jesús Felipe | 2018-08-23

La integración de los lentivirus en el genoma humano es uno de los procesos más complejos en el estudio de la dinámica estructural y funcional del virus durante la progresión de la enfermedad. Uno de los principales problemas en el estudio de la integración es la existencia de muchos sitios calientes (“hotspot”), de preferencia viral y la razón por la que el virus prefiere estas zonas es aún desconocida. La evidencia actual muestra que la integración de cADN lentivirus no es al azar, ya que algunas condiciones topológicas de la cromatina interfásica son importantes para determinar el "nicho" genómico para integrarse.

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Construcción y expresión de una proteína recombinante de la envoltura del virus linfotrópico humano tipo I (HTLV-I).

Ordóñez, Paula | 2014-01-22

El virus linfotrópico humano tipo I de las células T (HTLV-I) es un oncorretrovirus asociado con la leucemia de células T adultas (ATL) y la Paraparesia Espástica Tropical (PET). El gen env del virus codifica la glicoproteína precursora gp62, que mediante procesamiento produce la gp21 (transmembranal) y la gp46 (superficie). Se ha demostrado la alta inmunorreactividad de la gp46 en sueros de individuos infectados. Con el propósito de obtener una proteína recombinante útil en diagnóstico y en una potencial vacuna, se clonó en el vector de expresión de Baculovirus “bácmido” pBlueBac4.5His el segmento de 144bp obtenido mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) con cebadores que amplifican la región 5622-5765 nt. El construido pBlueBacRENV fue transfectado en células del insecto Mamestrae brassicae (clon MB 8003) recuperándose la proteína recombinante. La proteína RENV reaccionó específicamente con suero de personas infectadas con HTLV-I. Los resultados obtenidos mostraron que la proteína RENV puede ser utilizada para el diagnóstico serológico de la infección por HTLV-I y en la evaluación de nuevas vacunas. Human T-Cell Lymphotropic Virus Type I (HTLV-I) is an oncoretrovirus associated with Adult T-Cell Leukemia/ Lymphoma (ATL) and Tropical Spastic Paraparesis (TSP). The viral env gen encodes gp62 glycoprotein precursor that is cleavage to produce the gp21 (transmembrane) and gp46 (surface). Previous reports showed that gp46 is highly immunoreactive in sera from infected individuals. With the purpose to obtain a recombinant protein to be used for diagnosis and potential vaccine, we cloned into Baculovirus expression vector pBluebac4.5His bacmids, the 144bp segment obtained by PCR with primers for 5622-5765 nt region. The construct pBlueBacRENV was transfected into insect cells of Mamestrae brassicae (MB 8003) and the recombinant protein was recovered. The protein showed cross reactions with sera of HTLV-I infected people exclusively. These results enabled us to propose this protein can be used in serologic diagnosis for HTLV-I infection and as a candidate for a vaccine.

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"Dinámica y significado de la integración simultánea de provirus del VIH-1 y del HTLV-I en linfocitos de sujetos doblemente infectados..".

García Vallejo, Jesús Felipe | 2018-08-23

En este trabajo, por primera vez, a partir tanto de los datos de monointegración como de la simulación bioinformática de la cointegración VIH-1/HTLV-1 combinada y analizada en forma integral, se demostró la hipótesis de que una combinación específica de características de la cromatina para cada tipo de infección, facilitaría el proceso de integración simultánea de provirus VIH-1 y HTLV-I. En este contexto, caracterizamos el ambiente genómico para la integración de ambos retrovirus, como aquellas regiones del genoma hospedero donde la acción de diversas características de la cromatina interfásica asociada, remodelan de tal forma su estructura, que favorecerían la integración de los cADN virales, dependiente del tipo de retrovirus y de la interacción de ambos en procesos de cointegración. Los análisis de este estudio utilizaron modelos multivariados permitieron describir, en forma independiente en cada proceso integracional, el ambiente genómico y cromosómico preferido para su integración en el genoma humano. Un ambiente cromosómico en donde se obtuvieron los clúster de cromosomas con mayor número de integraciones y similares en la distribución de las características genómicas incluidas en el estudio y, un ambiente genómico en donde la colinealidad entre las variables juega un papel importante en la selección de aquellas regiones cromatínicas blanco de integración.

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Estudio de la seroprevalencia de la infección por los virus linfotrópicos humanos (HTLV) I y II en poblaciones del departamento de Córdoba, Colombia.

Quintana, Milton | 2013-12-02

Introducción: Se determinó la seroprevalencia de los virus linfotrópicos humanos tipos I y II (HTLV-I y II) en varios municipios del Departamento de Córdoba. Materiales y métodos: Se analizaron 962 muestras de suero mediante la prueba de ELISA y de Western blot confirmatorio. Se analizaron genéticamente 5 aislamientos virales por RFLP y secuenciación de la región LTR. Resultados: Se confirmaron 20 aislamientos como HTLV-I y uno como HTLV-II. La seroprevalencia de la infección por el HTLV-I en la muestra obtenida del departamento de Córdoba fue 2.1% (20/962), y para el HTLV-II 0.1% (1/962). Mediante análisis genéticos se determinó que tres correspondieron al subtipo africano b y dos el cosmopolita a. Conclusión: Este es el primer registro de la infección tanto por HTLV-I como por HTLVII informado para el departamento de Córdoba en Colombia.. Introduction. We studied the seroprevalence of human lymphotropic virus (HTLV) types I and II infection in several towns of the Department of Cordoba in the Colombian Caribbean region. Materials and methods. By ELISA and Westen blot we screened a total of 962 sera. From proviral PBMC DNA of five HTLV-I seropositive individuals RFLP and sequencing of LTR region was performed. Results. Twenty samples were confirmed as HTLV-I and one as HTLV-II. The seroprevalence for HTLV-I in the sample of the department of Cordoba was 2.07% (20/962) and 0.104% (1/ 962) for the HTLV-II. The genetic analysis showed that three isolates were classified as West African b and two as Cosmopolitan a. Conclusion. The present is the first report of HTLV-I and II infection in towns of Cordoba Department in Colombia.

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Fisiología cromosómica, síntesis de proteínas y ácido ribonucléico en las glándulas salivares de Rhynchosciara Millery Diptera (Sciaridae).

García Vallejo, Jesús Felipe | 2013-06-28

Se han estudiado algunas características citológicas y bioquímicas delas glándulas salivares de R. millery. entre los parámetros escogidos para la realización de este trabajo se consideraron: Eventos de apertura y cierre de determinados "puff"; síntesis de poblaciones de RNA y polipéptidos específicos a lo largo de los periodos finales del desarrollo larval de la especie. En términos generales la actividad de síntesis de RNA de las glándulas salivares es baja. Empleando electroforesis en geles de poliacrilaumida, fué posible detectar varias fracciones polipeptídicas. El polipéptido de Mr 28 Kd detectado en la sección S1,se correlacionó con el producto de traducción del puff de RNA B-2. La banda protéica de 18 Kd se determinó como el producto génico o del puff de RNA - C - 3. Los resultados obtenidos, muestran que la síntesis de RNA y proteínas en glándulas salivares de esta especie son eventos moleculares controlados a nivel de desarrollo glandular.

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Genomic study of the critical region of chromosome 21 associated to Down syndrome.

Montoya, Julio César | 2011-11-10

Introduction: Previous reports have identified a region of chromosome 21 known as Down ayndrome critical region (DSCR) in which the expression of some genes would modulate the main clinical characteristics of this pathology. In this sense, there is currently limited information on the architecture of the DSCR associated. Objective: To obtain in silico a detailed vision of the chromatin structure associated with the evaluation of genomic covariables contained in public data bases. Methods: Taking as reference the information consigned in the National Center for Biotechnology Information, the Genome Browser from the University of California at Santa Cruz and from the HapMap project, a chromosome walk along 21 Mb of the distal portion of chromosome 21q arm was performed. In this distal portion, the number of single nucleotide polymorphisms (SNP), number of CpG islands, repetitive elements, recombination frequencies, and topographical state of that chromatin were recorded. Results: The frequency of CpG islands and Ref genes increased in the more distal 1.2 Mb DSCR that contrast with those localized near to the centromere. The highest level of recombination calculated for women was registered in the 21q22.12 to 22.3 bands. DSCR 6 and 9 genes showed a high percentage of methylation in CpG islands in DNA from normal and trisomic fibroblasts. The DSCR2 gene exhibited high levels of open chromatin and also methylation in some lysine residues of the histone H3 as relevant characteristics. Conclusion: The existence of a genomic environment characterized by high values of recombination frequencies and CpG methylation in DSCR 6 and 9 and also DSCR2 genes led us to postulate that in non-disjunction detected in Down syndrome, complex genomic, epigenetic and environmental relationships regulate some processes of meiosis. Introducción: Análisis previos han identificado una región del cromosoma 21, conocida como región crítica del síndrome de Down (DSCR) en donde se localizan algunos genes cuya expresión modularía las principales características clínicas de este síndrome. En este sentido, existe poca información detallada sobre la arquitectura de la cromatina asociada con la DSCR. Objetivo: Obtener in silico, a partir de la evaluación de covariables genómicas contenidas en bases de datos públicas, una visión detallada de la estructura cromatina asociada con la DSCR. Métodos: Tomando como referencia la información consignada en el National Center for Biotechnology Information, el Genome Browser de la Universidad de California en Santa Clara y el proyecto internacional HapMap, se efectuó un paseo cromosómico a lo largo de 21Mb de la porción distal del brazo q del cromosoma 21, para registrar el número de polimorfismos de nucleótido único, el de islas CpG, de secuencias repetidas, las tasas de recombinación y el estado topológico de la cromatina asociada. Resultados: La frecuencia de islas CpG y de genes referenciados se incrementó en los últimos 1,2 Mb de la región distal en contraste con su distribución pericentromérica. La mayor tasa de recombinación calculada en este estudio para mujeres se registró en las bandas 21q22.13 y 21q22.3. Los genes DSCR 6 y 9 presentaron un elevado grado de metilación en islas CpG tanto en fibroblastos normales como en trisómicos. En el gen DSCR2 se observó un alto grado de descondensación cromatínica, además de metilación de diferentes residuos de lisina de la histona H3. Conclusiones: La existencia de un ambiente genómico caracterizado por tener elevadas tasas de recombinación y de metilación de genes DSCR 6 y 9, permite postular que en la no disyunción asociada con el SD, operarían complejas interacciones genómicas, epigenéticas y ambientales que actuarían en algunos procesos meióticos.

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La genotipificación y fenotipificación de la resistencia del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) a los fármacos antirretrovirales.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2014-01-14

En diciembre de 2002 existía en el mundo 42 millones de personas infectadas por el virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1). Cómo se ha llegado a esta cifra, es una de las preguntas que tiene como base de respuesta la gran adaptación evolutiva del virus. Las poblaciones del VIH-1 replican como distribuciones complejas de genomas diferentes, pero genéticamente relacionadas, denominadas cuasiespecies. Así, las cepas virales que circulan alrededor del mundo presentan gran heterogeneidad de genotipos distribuidos como agrupaciones genéticas naturales con distribuciones geográficas características y dinámicas de infección y dispersión diferentes. El aumento de la capacidad de acción antiviral, facilitado por el desarrollo de nuevos fármacos, ha incrementado la frecuencia de mutantes virales resistentes. Este nuevo panorama evolutivo dificulta la aplicación de una terapia antirretroviral exitosa. Numerosos estudios retrospectivos realizados a lo largo de los años han demostrado la correlación entre la presencia de mutaciones y el fracaso terapéutico de la infección por el virus. En tal sentido ha sido importante desarrollar pruebas de genotipificación y fenotipificación que puedan discriminar las mutaciones asociadas con la resistencia a un determinado antirretroviral. Aunque no son instrumentos completamente seguros, si se convierten en herramientas poderosas para poder diseñar de manera más confiable tratamientos terapéuticos más efectivos y que retarden al máximo la aparición de cepas resistentes. Además, se pueden emplear en la vigilancia fina de la pandemia del SIDA/VIH uno de los problemas más graves de salud pública del mundo actual. By December of 2002 there was in the world approximately 42 millions of people infected with the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1). How is this number had been achieved can be partially answered on the basis on its high evolutionary capacity of adaptation. HIV-1 populations replicate as complex distribution of viral genomes genetically related termed as quasispecies. In this sense the viral strains that circulate around the world exhibit wide heterogeneity of genotypes which are distributed as natural clades with different geographical and infection dynamics. The actual progress of the antiviral capacity, in part facilitated by the developing of new antiretroviral drugs, has increased de frequency of new viral resistant mutants. This new evolutionary landscape has difficultated the approaching to a successful antiretroviral therapy. Several epidemiological studies have shown the correlation between the emergency of new mutations and the failt of antiviral therapy. In this it has been important to develop effective genotyping and phenotyping tests that screened the mutations associated with the exposition to a defined antiretroviral drug. Although these tests are not completely safe, they are powerful tools to help the design of more trustable therapies which delay at maximum the appearance of resistant mutants. Moreover genotyping tests can be used in the epidemiological surveillance of AIDS/HIV pandemic one of the most important problem of public health in the world.

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La genómica nutricional : un nuevo paradigma de la investigación de la nutrición humana.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2013-12-02

La relación entre la dieta y la salud es un hecho que ha sido ampliamente demostrado; sin embargo, existe un interés creciente en cuáles de los componentes de la dieta son biológicamente activos y cómo ellos ejercen su efecto funcional. Estas preguntas han sido ejes centrales del desarrollo de la genómica nutricional. Así, la genómica nutricional es la aplicación de las tecnologías utilizadas en la funcional para entender, a nivel genómico, el efecto que tienen los alimentos. Una de las preguntas más comunes en nutrición es ¿Qué y cómo comer? La aceptada individualidad metabólica que se ha predicado en los últimos años, impide que se pueda dar una respuesta general. Actualmente se sabe que el genoma es individualizado y que la expresión de su contenido informacional es un universo único, que depende no sólo de factores exógenos sino que es modulado de manera muy compleja por múltiples factores endógenos. Es pues un reto de conocimiento el comenzar a definir cuáles son las variables que intervienen para poder tener una dieta acorde con cada individuo. En este sentido, la genómica nutricional (o nutrigenómica), plantea el estudio del efecto de los alimentos a nivel molecular y genético. En tal contexto, el proyecto del genoma humano provee herramientas para poder entenderla y se convierte en un nuevo paradigma de la investigación en nutrición humana. The link between diet and health is well established, however, renewed interest in which dietary components are biologically active and how they exert their functional effects is being fuelled by the development of nutritional genomics. Nutritional genomics is the application of high throughput functional genomic technologies in nutrition research. One of the most common questions in nutrition is: What to eat and how do it? The accepted metabolic individuality that has been proposed during the last years permitted to address these and other questions. Actually we know that the genome is individualized and the expression of its informational background is also unique; however, it is influenced by several exogenous factors and internally is controlled by several regulating factors that form complex nets of genes which interact among them. In this sense is a real challenge to explore what are the variables that play fundamental roles in the expression of the informational content of genome. Nutritional genomics introduce to the analysis of the effects of foods on the expression at molecular and gene levels. Thereby the knowledge of the human genome project is giving tools to enable us to understand better many biological aspects of the nutrition promoting the development of a new paradigm in nutritional research.

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Global differential expression of genes located in the Down Syndrome Critical Region in normal human brain.

Montoya, Julio César | 2015-02-10

Background: The information of gene expression obtained from databases, have made possible the extraction and analysis of data related with several molecular processes involving not only in brain homeostasis but its disruption in some neuropathologies; principally in Down syndrome and the Alzheimer disease. Objective: To correlate the levels of transcription of 19 genes located in the Down Syndrome Critical Region (DSCR) with their expression in several substructures of normal human brain. Methods: There were obtained expression profiles of 19 DSCR genes in 42 brain substructures, from gene expression values available at the database of the human brain of the Brain Atlas of the Allen Institute for Brain Sciences”, (http://human.brain-map.org/). The co-expression patterns of DSCR genes in brain were calculated by using multivariate statistical methods. Results: Highest levels of gene expression were registered at caudate nucleus, nucleus accumbens and putamen among central areas of cerebral cortex. Increased expression levels of RCAN1 that encode by a protein involved in signal transduction process of the CNS were recorded for PCP4 that participates in the binding to calmodulin and TTC3; a protein that is associated with differentiation of neurons. That previously identified brain structures play a crucial role in the learning process, in different class of memory and in motor skills. Conclusion: The precise regulation of DSCR gene expression is crucial to maintain the brain homeostasis, especially in those areas with high levels of gene expression associated with a remarkable process of learning and cognition..Introducción: La información de la expresión de genes consignada en bases de datos, ha permitido extraer y analizar información acerca procesos moleculares implicados tanto en la homeostasis cerebral y su alteración en algunas neuropatologías. Objetivos: Correlacionar los niveles de transcripción de 19 genes localizados en la región crítica del cromosoma 21, asociada a Síndrome de Down (DSCR), con la localización cerebral y su coexpresión en diferentes subestructuras del cerebro humano. Métodos: A partir de valores de expresión génica disponibles en la base de datos del proyecto cerebro humano del Atlas del Cerebro del “Allen Institute for Brain Sciences” (http://human.brain-map.org/), se construyeron perfiles de expresión de 19 genes DSCR en 42 subestructuras cerebrales. Además, utilizando métodos estadísticos multivariados se analizaron los patrones de coexpresión de genes DSCR en el cerebro normal. Resultados: En el núcleo caudado, el núcleo accumbens y el putamen además de las Áreas centrales 2, 3 y 4, se determinaron los valores de expresión más elevados para los genes incluidos RCAN1, que codifica para una proteína involucrada en el proceso de transducción de señales de SNC; PCP4 cuya proteína interviene en la unión a la calmodulina y TTC3 una proteína que interviene en la diferenciación de neuronas. Las subestructuras identificadas con una elevada expresión de estos genes, están asociadas con procesos de aprendizaje, en diferentes tipos de memoria y habilidades motoras. Conclusiones: La regulación de la expresión de los genes DSCR es clave para mantener la homeostasis cerebral, especialmente en aquellas áreas de mayor expresión, las cuales están asociadas con procesos sumamente importantes.

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Inmunogenicidad diferencial de dominios de las glicoproteínas de la envoltura del HTLV-I.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2014-02-07

Mediante inmunoblot se evaluó la reactividad de las glicoproteínas en diferentes regiones de la envoltura viral de anticuerpos presentes en el suero de individuos seropositivos para HTLV-I provenientes del municipio de Tumaco. Se determinó que la porción carboxilo-terminal de la gp- 46 es la más inmunodominante (aminoácidos 166-308), pues presentó cifras variables de reactividad de 80% a 100%. Esta región podría ser una candidata potencial para desarrollar una vacuna con espectro amplio a nivel mundial. Además, la región comprendida entre los aminoácidos 166-201 de la gp-46 del HTLV-I se reconoció en 100% de los sueros provenientes de individuos con PET/ HAM (paraparesia espástica tropical/mielopatía asociada con la infección por HTLV-I ) y sólo en 80% de portadores sanos (p = 0.004), diferencia que es estadísticamente significativa. Este resultado permi-tió proponer que durante la progresión de la enfermedad se presentarían cambios funcio-nales en determinadas porciones de la proteína de superficie de la envoltura, que de algún modo modula la respuesta inmune humoral del individuo seropositivo para HTLV-I. By Western Blot, the reactivity of seropositive individuals from the town of Tumaco, against different regions of the viral envelope glycoproteins was evaluated. It was determined that the carboxyl end of the gp-46 (amino acids 166 to 308) had the maximum immunoresponse with a ratio of reactivity ranging from 80% to 100%. This region represents a potential for developing a broad spectrum vaccine. Furthermore the region between aminoacids 166-201 of the gp-46 of HTLV- 1 revealed a compatible reaction with sera from 100% of individuals with TSP/HAM (tropical spastic paraparesis/ HTLV-I associated myelopathy), in contrast, only 80% of sera from asymptomatic individuals yielding a positive reaction, (p = 0.004) was observed. Based on these results, it is proposed that during the progress of a viral infection, functional changes in defined regions of the envelope glycoprotein would modulate the immunoresponse in HTLV-I seropositive individuals.

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Metilación CpG en la región crítica del síndrome de down (DSCR).

García Vallejo, Jesús Felipe | 2014

La metilación CpG en el ADN es un mecanismo epigenético implicado en la regulación de la expresión génica, cuyos patrones son específico para cada tipo de tejido, y su conocimiento resulta importante para el entendimiento de enfermedades como el Síndrome de Down (SD). Se tomaron como referencia los valores de metilación CpG consignados en las bases de datos del NCBI, UCSC y el proyecto NAME21, para genes de la Región Crítica del Síndrome de Down (DSCR), en la corteza prefrontal, en promotores de tipos celulares (Leucocitos normales, Fibroblastos normales, HEK293, Fibroblastos trisómicos 21 y HepG2) y la metilación génica (HeLa-S3, HepG2, IMR90 y Hepatocitos normales). En la corteza prefrontal, los genes DSCR6 y RCAN1, presentaron un elevado nivel metilación CpG. En los de promotores de DYRK1A, KCNJ6, BACE2 y RUNX1 se registraron los más altos porcentajes de metilación CpG.

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Microagregación genética y geográfica de aislados del virus linfotrópico humano tipo I (HTLV-I) en zonas endémicas del suroccidente de Colombia.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2014-01-30

Con el objetivo de definir el polimorfismo de patrones de restricción (RFL) para la endonucleasa de restricción DdeI, de la región del HTLV-I de los 5181 a los 6624 nucleótidos, se amplificó un segmento de 1033 bp que incluía la porción terminal 5’ del gen Pol y el dominio de superficie del gen Env (gp46) del ADN proviral de PBMC obtenido de 29 personas seropositivas para el HTLV-I provenientes de varias zonas el suroccidente de Colombia. El análisis de restricción efectuado con la endonucleasa DdeI, reveló la existencia de tres patrones de RFLPs diferentes. El patrón I (900 y 125 pb), se observó en 34.5% (10/29) de los aislados. El patrón IIa (700, 205 y 125 pb) se determinó en 51.7% (15/29). Finalmente, el patrón IIb (550, 350 y 125 pb) representó 13.8% (4/29) aislados. El microagregado IIb se observó con predominio en aislados de HTLV-I del municipio de Tumaco. Los patrones I y IIa se distribuyeron con mayor frecuencia en el interior del suroccidente. Los resultados obtenidos muestran la existencia de un mecanismo de microevolución divergente de la región pol-env en los virus de las áreas analizadas. With the aim to explore the restriction fragment length polymorphism (RFLP) to Dde I restriction enzyme, the proviral region from 5181 to 6624 nts of HTLV I was amplified by PCR. The 1033 bp fragment containing the terminal 5’ of gene pol and the surface domain of envelope gene (gp46) was amplified from PBMC proviral DNA of 29 HTLVI seropositive individuals from several areas of southwest Colombia. The restriction analysis performed with Dde I revealed the circulation of three different Dde I RFLP patterns. Pattern I (900 and 125 bp) was observed in 34.5% (10/29) of isolates. Pattern IIa (700, 205 and 125 bp) was detected in 51.7% (15/29) of individuals. Finally, pattern IIb (550, 350 and 125 bp) included only 13.8% (4/29) of samples studied. Pattern IIb was exclusively detected in Tumaco in contrast with patterns I and IIa that exhibited a tendency to be distributed in the inland areas of southwest. Taken together results showed the existence of a divergent microevolutionary mechanism operating in endemic areas for HTLV-I infection of southwest Colombia.

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Obesidad y niveles de leptina en mujeres embarazadas, en el posparto, en sus hijos y análisis bio-informático de genes asociados a obesidad.

Sánchez Gómez, Adalberto | 2015

Introducción. La obesidad es una enfermedad inflamatoria crónica, una pandemia y factor de riesgo para enfermedades metabólicas como la diabetes mellitus, hipertensión arterial, síndrome metabólico y muchos tipos de cáncer. Objetivo. Determinar la relación entre obesidad y los niveles de leptina en un grupo de madres durante el embarazo, en el postparto y en sus hijos e identificar in Silico la expresión e interacción de otros genes asociados con esidad, expresados en el tejido adiposo humano. Metodología. Se evaluaron 74 binomios madre hijo, provenientes de un ensayo clínico. Se tomó información del binomio durante el embarazo y nacimiento, se realizaron mediciones antropométricas y niveles de leptina a los 21 meses posparto. Se realizó un análisis Bio-informático de genes asociados con obesidad, se creó una red de interacción y expresión de genes con el programa Cytoscape 3.2, un mapa de expresión y un paseo cromosómico. Resultados y conclusiones. Las mujeres que ingresaron a las 14,5 ± 2,1 semanas de gestación con sobrepeso u obesidad (los mayores IMC), permanecieron así a las 32 semanas y a los 21 meses postparto y se correlacionaron con mayores IMC y CC en los hijos a los 21 meses de vida. Se encontró una correlación significativa, entre el índice de masa y los niveles de leptina, durante el embarazo, a los 21 meses postparto y en sus hijos. Las variables que mejor predijeron un estado de sobrepeso/obesidad en las madres a los 21 meses de postparto, fueron los niveles de leptina y el porcentaje de grasa a las 14,5 semanas y el Índice de Masa a las 32 semanas. En el estudio in Silico, se encontró que el gen con el mayor número de interacciones proteicas fue el factor de transcripción NRF1, siendo a su vez, el centro del nodo más grande encontrado en la red. En la tres personas obesas, la co-expresión de genes fue diferente a las no obesas: la IL6 junto con el gen KCMF1, estuvieron sobre-expresados y la interacción física que más peso tuvo en la red, fue entre la IL6 y su receptor. Se resalta a la IL6, como un potencial biomarcador para el diagnóstico clínico de obesidad, debido a su expresión diferencial y estar asociada con el estado de inflamación crónica presente en la obesidad.

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Síntesis de Proteínas en el Cuerpo Graso de Spodoptera fragiperda (LEPIDOPTERA : Nocfcuidac).

García Vallejo, Jesús Felipe | 2013-06-28

Con el objetivo de estudiar la Síntesis de Proteínas en el Cuerpo Graso de Spodoptera fragiperda (LEPIDOPTERA: Nocfcuidac) realizamos ecperiencias de incorporación de un -- con Leurana --en cuerpos grasos de pupas y hembras adultas. El análisis de las cinéticas de incorporación del precursor radioactivo en el tejido de pupas hembras en el día 6, demostró que el tiempo de máxima incorporación era a los 30 minutos; empleando la misma metodología, fue posible observar un pico de máxima actividad de sistesis proteíca en este día. El cálculo de los valores de actividad específica de los polipéptidos sintetizados, evidenció una intensa actividad en los días 4,5 y 6 de la fase pupal. Utilizando electroforesis en PAGE SDS. se identificaron polipéptidos que sólo son sintetizados en un día determinado del adulto, y que no son comunes a los otros estadios.

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