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Aceleración en hardware y del análisis multifractal del genoma humano.

Moreno Tovar, Pedro Antonio; Velasco Medina, Jaime; Duarte Sánchez, Jorge; Loaiza, Cris (2018-08-24)

El análisis multifractal ha permitido estudiar el genoma humano desde una perspectiva diferente proporcionando una manera de medir la variabilidad y estabilidad genética a lo largo del genoma. Estos resultados han sido ...
Análisis bioinformático de los eventos fractales relacionados con fenómenos epigenéticos del genoma humano en la integración de los lentivirus.

Alzate Rincón, Lina Andrea (Universidad de ValleColombiaFACULTADES DE CIENCIAS NATURALES Y EXACTASQUÍMICA, 2014)

La integración retroviral del VIH en el genoma humano es uno de los procesos más complejos en el estudio de la dinámica estructural y funcional del virus durante la progresión de la enfermedad. Uno de los principales ...
Characterizing viruses mimicry mechanisms with protein-protein interactions and short linear motifs

Becerra Sandoval, Andrés (Universidad del ValleColombiaFACULTAD DE INGENIERÍADOCTORADO EN INGENIERÍA-ÉNFASIS EN CIENCIAS DE LA COMPUTACIÓN, 2016)

Los virus son parásitos intracelulares obligados que predominan en todos los dominios de la vida. Las infecciones virales causan enfermedades y muertes a seres humanos y a organismos que sirven de alimento como plantas y ...
Diseño de una arquitectura hardware para emular la glucólisis usando FPGAs.

Moreno Tovar, Pedro Antonio; Duarte, Jorge E.; Mejía, Lorena; Velasco M., Jaime (2018-04-25)

En este proyecto se llevo a cabo el diseño de una arquitectura hardware programable basada en un arreglo de elementos de procesamiento para simular procesos biológicos modelados de acuerdo a la cinética química. Durante ...

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Aceleración en hardware y del análisis multifractal del genoma humano.

Moreno Tovar, Pedro Antonio | 2018-08-24

El análisis multifractal ha permitido estudiar el genoma humano desde una perspectiva diferente proporcionando una manera de medir la variabilidad y estabilidad genética a lo largo del genoma. Estos resultados han sido usados para explicar algunas anormalidades genéticas y otras particularidades genéticas con importantes implicaciones en estudios de enfermedades genéticas, diversidad humana entre otros.

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Análisis bioinformático de los eventos fractales relacionados con fenómenos epigenéticos del genoma humano en la integración de los lentivirus.

García Vallejo, Jesús Felipe | 2014

La integración retroviral del VIH en el genoma humano es uno de los procesos más complejos en el estudio de la dinámica estructural y funcional del virus durante la progresión de la enfermedad. Uno de los principales problemas en el estudio de la integración es la existencia de muchos sitios calientes ("hotspot"), de preferencia viral y la razón por la que el virus prefiere estas zonas es aún desconocida. La evidencia actual muestra que la integración de cADN lentivirus no es al azar, ya que algunas condiciones topológicas de la cromatina interfásica son importantes para determinar el "nicho" genómico para integrarse. Estudios previos han demostrado que la multifractalidad a lo largo del genoma humano ésta relacionada con el contenido de elementos Alu y la estabilidad del genoma. Esto es debido que las regiones de baja y media multifractalidad, de baja estabilidad genómica, son más susceptibles de exhibir efectos epigenéticos-ambientales, mientras que las regiones de alta multifractalidad, más estables, estarían relacionadas con efectos genéticodeterministas. Dado que el VIH es un agente exógeno al genoma, se predice que los sitios de integración del VIH estarían relacionados con valores de baja y media multifractalidad y por ende de baja estabilidad genómica. El objetivo de la presente investigación es poner a prueba el modelo multifractal propuesto versus la integración del VIH.

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Characterizing viruses mimicry mechanisms with protein-protein interactions and short linear motifs

Moreno Tovar, Pedro Antonio | 2016

Los virus son parásitos intracelulares obligados que predominan en todos los dominios de la vida. Las infecciones virales causan enfermedades y muertes a seres humanos y a organismos que sirven de alimento como plantas y ganado. Los cortos genomas virales codifican mecanismos de subversión de las células hospederas. Estos mecanismos están basados en interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero. La disminución de los costos de la secuenciación de nueva generación ha impulsado un crecimiento exponencial del número de genomas virales en las bases de datos bioinformáticas. En contraste, el costo de las técnicas experimentales para la determinación de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero no está descendiendo a la misma velocidad. Aunque el número de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero ha crecido en las bases de datos, todavía es bajo para analizar los mecanismos de subversión viral con enfoques de biología de sistemas. Hay una necesidad de métodos computacionales de predicción de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero. Sin embargo, el número de estructuras 3D de proteínas virales y de hospederos es muy pequeño para realizar la predicción con métodos estructurales. La predicción de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero ha sido realizada principalmente con clasificadores basados en aprendizaje automático. No obstante, los clasificadores desarrollados no revelan en alto nivel por qué se infirieron las interacciones y son sensitivos a la calidad del conjunto de datos de aprendizaje. Para interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero todavía no hay un conjunto de datos de validación de alta calidad. Esta tesis trata sobre la predicción de interacciones proteína-proteína entre virus y hospedero mediadas por motivos lineales cortos. Estas interacciones predominan más que las interacciones dominio-dominio entre virus y hospedero; además son usadas por varios virus. La inferencia de este tipo de interacciones se sustenta en hipótesis biológicas como la conservación de los motivos y su localización en regiones proteínicas desordenadas. El resultado de ésta tesis es un método y una plataforma computacional para predecir interacciones proteína-proteína entre virus y hospederos mediadas por motivos lineales. Las interacciones candidatas obtenidas son usadas para estudiar un subsistema particular humano, las proteínas que hacen síntesis de proteínas. Sin embargo, los métodos desarrollados pueden ser usados con cualquier otro subsistema como el interferon y el de apoptosis.

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Diseño de una arquitectura hardware para emular la glucólisis usando FPGAs.

Moreno Tovar, Pedro Antonio | 2018-04-25

En este proyecto se llevo a cabo el diseño de una arquitectura hardware programable basada en un arreglo de elementos de procesamiento para simular procesos biológicos modelados de acuerdo a la cinética química. Durante el proceso de investigación se realizó el estudio del modelo matemático de las oscilaciones glucolíticas en células de levadura y del modelo de señalización del receptor del factor de crecimiento epidémico (EGFR). Los modelos fueron simulados en software especializado para comparar y verificar los resultados obtenidos con la arquitectura diseñada.

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Aceleración en hardware y del análisis multifractal del genoma humano.

Análisis bioinformático de los eventos fractales relacionados con fenómenos epigenéticos del genoma humano en la integración de los lentivirus.

Characterizing viruses mimicry mechanisms with protein-protein interactions and short linear motifs

Diseño de una arquitectura hardware para emular la glucólisis usando FPGAs.

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Aceleración en hardware y del análisis multifractal del genoma humano.

Análisis bioinformático de los eventos fractales relacionados con fenómenos epigenéticos del genoma humano en la integración de los lentivirus.

Characterizing viruses mimicry mechanisms with protein-protein interactions and short linear motifs

Diseño de una arquitectura hardware para emular la glucólisis usando FPGAs.

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Aceleración en hardware y del análisis multifractal del genoma humano.

Análisis bioinformático de los eventos fractales relacionados con fenómenos epigenéticos del genoma humano en la integración de los lentivirus.

Characterizing viruses mimicry mechanisms with protein-protein interactions and short linear motifs

Diseño de una arquitectura hardware para emular la glucólisis usando FPGAs.

Aceleración en hardware y del análisis multifractal del genoma humano.

Análisis bioinformático de los eventos fractales relacionados con fenómenos epigenéticos del genoma humano en la integración de los lentivirus.

Characterizing viruses mimicry mechanisms with protein-protein interactions and short linear motifs

Diseño de una arquitectura hardware para emular la glucólisis usando FPGAs.