Síntesis y determinación estructural por difracción de rayos X de monocristal de fenilnitrobenzamidas, estudio supramolecular de frecuencias vibracionales y acople molecular con proteínas de Leishmania

Abstract

Se sintetizaron tres fenilbenzamidas cristalinas: ácido 4-(3-nitrobenzamida) benzoico (4CPB3N), N-(4-nitrofenil)-3nitrobenzamida (4NPB3N) y N-(4-metoxi)-3-nitrobenzamida (4MPB3N) derivadas del ácido p-aminobenzoico, la p-anisidina y la 4-nitroanilina respectivamente, la primera vía esteres (a partir de 3-nitrobenzoato de picrilo) y las otras vía ácidos (ácido 3nitrobenzoico). Para el primer y tercer sistema el solvente de re cristalización fue el acetonitrilo y para el segundo, el etanol. El sistema 4CPB3N cristalizó en el sistema triclínico y 4MPB3N y 4NPB3N en el monoclínico, los grupos espaciales fueron centrosimétricos para los tres casos, ̅ ⁄ y ⁄ , respectivamente. El fragmento central amídico tuvo un comportamiento planar definido y no presento diferencias significativas en las distancias de enlace o ángulos de torsión, sin embargo el ángulo dihedral entre este y los planos de los anillos bencénicos fue similar para 4CPB3N y 4MPB3N y mucho menor para 4NPB3N debido a la presencia del enlace de hidrógeno N1H1…O1 en los dos primeros, donde a su vez el empaquetamiento cristalino rompe su planaridad. En los tres sistemas las interacciones predominantes son las O…H, H…H y C…H las cuales fueron analizadas utilizando las superficies de Hirshfeld y sus correspondientes huellas dactilares. El sistema 4NPB3N presento además interacciones π-π interplanares entre los anillos bencénicos, las cuales fueron identificadas en el análisis de las superficies, debido a la presencia de interacciones C…C significativas en su huella dactilar. Se compararon las frecuencias vibracionales experimentales y teóricas (calculadas por DFT) observándose un aumento en las vibraciones de tensión teóricas de los enlaces N-H del grupo amino y C=O del grupo carbonilo, debido a la presencia del enlace de hidrógeno N1-H1…O1 en 4CPB3N y 4MPB3N y las interacciones C4-H4…O1 y N1-H1…O5 en 4NPB3N. Finalmente se realizaron análisis de docking molecular contra una base de estructuras proteicas de Leishmania, obteniéndose como mejor valor de energía de afinidad -10 KJ/mol para los tres sistemas.