Examinando por Autor "Moreno, Pedro A."

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    PublicaciónAcceso abierto
    Bioinformática multifractal : Una propuesta hacia la interpretación no-lineal del genoma.
    (2015-05-11) Moreno, Pedro A.
    El primer borrador de la secuencia completa del genoma humano (GH) se publicó en el año 2001 por parte de dos consorcios competidores. Desde entonces, varias características estructurales y funcionales de la organización del GH han sido reveladas. Hoy en día, más de 2000 genomas humanos han sido secuenciados y todos estos hallazgos están impactando fuertemente en la academia y la salud pública. A pesar de esto, un gran cuello de botella llamado la interpretación del genoma persiste; esto es, la falta de una teoría que integre y explique el complejo rompecabezas de características codificantes y no codificantes que componen el GH como un todo. Diez años después de secuenciado el GH, dos trabajos recientes, abordados dentro del formalismo multifractal permiten proponer una teoría no-lineal que ayuda a interpretar la variación estructural y funcional de la información genética de los genomas. El presente artículo de revisión trata acerca de este novedoso enfoque, denominado: “Bioinformática multifractal”. Abstract The first draft of the human genome (HG) sequence was published in 2001 by two competing consortia. Since then, several structural and functional characteristics for the HG organization have been revealed. Today, more than 2.000 HG have been sequenced and these findings are impacting strongly on the academy and public health. Despite all this, a major bottleneck, called the genome interpretation persists. That is, the lack of a theory that explains the complex puzzles of coding and non-coding features that compose the HG as a whole. Ten years after the HG sequenced, two recent studies, discussed in the multifractal formalism allow proposing a nonlinear theory that helps interpret the structural and functional variation of the genetic information of the genomes. The present review article discusses this new approach, called: “Multifractal bioinformatics”.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Identificación de genes putativos de lacasas del metagenoma de suelo de bosque Alto Andino - Parque Nacional Natural "Los Nevados" - Colombia
    (Universidad del Valle, 2017) Bolaños Martinez, Ivon Andrea; Vélez Varela, Patricia E.; Moreno, Pedro A.
    A pesar de la amplia biodiversidad colombiana en todos sus aspectos, la bioprospección a partir de comunidades microbianas presentes en los diferentes ecosistemas del país es incipiente y una de las más importantes razones es debida al desconocimiento de las potencialidades de los metagenomas provenientes del suelo. La Metagenómica nos permite el estudio de comunidades enteras de microorganismos sin necesidad de aislarlas previamente, determinando su estructura y su potencial función biotecnológica. Este es el caso de las lacasas, enzimas oxidoreductasas que catalizan la oxidación de varios compuestos aromáticos y fenólicos, característica que les confiere algunas aplicaciones en biorremediación, decoloración y deslignificación, entre otras. El objetivo del actual estudio se enfocó en la identificación de genes putativos de lacasas a partir de librerías Metagenómicas de suelo de Bosque Alto Andino. Por medio de un tamizaje bioinformático preliminar se obtuvieron predicciones con dominios conservados característicos de las lacasas, que fueron evaluadas a nivel molecular. Se realizó la réplica y evaluación de la biblioteca de fósmidos del metagenoma de Bosque Alto Andino, logrando la identificación del gen de lacasa CueO procedente de la bacteria Escherichia coli con un porcentaje de identidad que va de 87-100% mediante el uso de cebadores degenerados diseñados en este estudio y de los cebadores reportados por (Ausec et al., 2011). El tamizaje de bibliotecas realizado en la actual investigación permite la identificación de enzimas de alto potencial industrial, constituyendo una excelente herramienta para considerar el ecosistema de páramo como un gran reservorio para la Bioprospección.