Examinando por Materia "Epigenética"

Mostrando 1 - 8 de 8
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Análisis bioinformático de los eventos fractales relacionados con fenómenos epigenéticos del genoma humano en la integración de los lentivirus.
    (Universidad de Valle, 2014) Alzate Rincón, Lina Andrea; García Vallejo, Jesús Felipe; Moreno Tovar, Pedro Antonio
    La integración retroviral del VIH en el genoma humano es uno de los procesos más complejos en el estudio de la dinámica estructural y funcional del virus durante la progresión de la enfermedad. Uno de los principales problemas en el estudio de la integración es la existencia de muchos sitios calientes ("hotspot"), de preferencia viral y la razón por la que el virus prefiere estas zonas es aún desconocida. La evidencia actual muestra que la integración de cADN lentivirus no es al azar, ya que algunas condiciones topológicas de la cromatina interfásica son importantes para determinar el "nicho" genómico para integrarse. Estudios previos han demostrado que la multifractalidad a lo largo del genoma humano ésta relacionada con el contenido de elementos Alu y la estabilidad del genoma. Esto es debido que las regiones de baja y media multifractalidad, de baja estabilidad genómica, son más susceptibles de exhibir efectos epigenéticos-ambientales, mientras que las regiones de alta multifractalidad, más estables, estarían relacionadas con efectos genéticodeterministas. Dado que el VIH es un agente exógeno al genoma, se predice que los sitios de integración del VIH estarían relacionados con valores de baja y media multifractalidad y por ende de baja estabilidad genómica. El objetivo de la presente investigación es poner a prueba el modelo multifractal propuesto versus la integración del VIH.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Análisis de la regulación epigenética de la angiogénesis placentaria revela un mecanismo de adecuación homeostática en mujeres con vasodilatación reducida
    (Universidad de Valle, 2015) Rodríguez Santa, Laura María; Castillo Giraldo, Andrés Orlando; Sanchez Gomez, Adalberto
    El embarazo requiere de una adecuada función endotelial que permita responder fisiológicamente frente a los grandes cambios hemodinámicos que se presentan. La vasodilatación mediada por flujo (VMF) es una técnica no invasiva usada para medir la respuesta vasodilatadora del endotelio en respuesta al estrés por fricción, que en el embarazo se debe, principalmente, al incremento en el flujo sanguíneo de la madre hacia la placenta en formación, dado que en el endotelio se producen factores de crecimiento y moléculas claves para la angiogénesis, este último, un proceso fundamental para el desarrollo vascular de la placenta. Para lo cual, se puso en consideración, un posible vínculo entre el impacto que la función vasodilatadora del endotelio podría generar sobre la angiogénesis de la placenta, trayendo consecuencias a nivel de la regulación de la angiogénesis placentaria en las mujeres que presentaran cambios negativos en la VMF. Para evaluar esta hipótesis, se escogieron mujeres primigestantes, entre los 21 y 27 años de edad, que habían hecho parte de un estudio de seguimiento a lo largo del embarazo hasta el momento del parto. Estas hacían parte del grupo control que no fue complementado con micronutrientes ni sometido a ninguna rutina de ejercicio físico, de las cuales se tomaron muestras de placenta a término, e información de la magnitud de cambio de la variable VMF, que fue establecida mediante la diferencia entre la VMF de la semana 32 menos la VMF de la semana 20 de la gestación (¿VMF). Separando dos grupos de mujeres entre aquellas que presentaron valores altamente positivos (seis mujeres) frente a otras con valores altamente negativos (cinco mujeres) para ¿VMF. Ambos grupos se consideraron embarazos sanos, al no haber reportado ningún tipo de patología durante el período gestacional. Sin embargo, estos cambios podrían estar generando modificaciones a nivel molecular. Para ello, se realizó un análisis transcripcional en estos dos grupos, usando la técnica RNA-seq, a partir de dos muestras de tejido de placenta por grupo; las edades de estas mujeres fueron 21 y 27 años en cada grupo. Los niveles de expresión diferencial fueron caracterizados usando el algoritmo GFOLD para la cuantificación de los transcriptos. Adicionalmente, se evaluaron mecanismos epigenéticos en las mismas muestras de placenta, como la metilación del ADN, en regiones promotoras de genes involucrados en la angiogénesis, y miRNAs en seis muestras del grupo ¿VMF positivo y cinco del grupo ¿VMF negativo (en ambos grupos las edades de las madres fueron homogéneas), con funciones regulatorias sobre la angiogénesis. En ambos casos se utilizaron arreglos de PCR como metodología de detección y cuantificación. Con base en estos resultados se propone un mecanismo de adecuación homeostático, mediante el cual, vías de señalización pro-angiogénica pueden ser activadas en búsqueda de atenuar las señales anti- angiogénicas disparadas por una reducida vasodilatación. Sin embargo, cabe resaltar, que el efecto en la dinámica celular al verse sometida a estos cambios podría marcar tanto a las madres como a sus futuros hijos a la predisposición a desarrollar enfermedades vasculares como la diabetes en la etapa adulta, para los niños, y en unos próximos años para las madres
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Efecto de la complementación con micronutrientes antioxidantes durante la gestación sobre la regulación epigenética de genes relacionados con estrés oxidativo en el niño menor de 2 años
    (2019-10-15) Montoya Villegas, Julio Cesar; Romero R., Myriam; Aguilar de Plata, Cecilia; Castillo G., Andres; Echeverry, Isabella; Ortega, José Guillermo; Echandia, Carlos Armando; Moreno, Maira Alejandra; Piedrahita, Diego Armando
    En el presente estudio se analizo el grado de metilación de regiones promotoras de genes asociados con estrés oxidativo en el niño menor de dos años, bajo la hipotesis de que estas regiones pueden ser modificadas por la complementación con micronutrientes antioxidantes en la mujer durante la gestación. Se analizaron muestras de sangre de neonatos de madres que fueron intervenidas con micronutrientes durante el periodo gestacional . Se utilizó el método de PCR en tiempo real para metilación “EpiTect Methyl II PCR Arrays”. Nuestros resultados mostraron que la región promotora del gen FLT1, relacionado con la respuesta celular al estímulo del factor de crecimiento endotelial vascular, presentó alto grado de metilación en las muestras de neonatos cuyas madres durante la gestación fueron complementadas con micronutrientes antioxidantes versus madres no complementadas. Otro interesante resultado de nuestro análisis fue la alta metilacion de la región promotora del gen SIRT1 en las muestras de neonatos cuyas madres recibieron el tratamiento con antioxidantes. El gen SIRT1 codifica la enzima desacetilasa Sirtuina1. De otro lado, el haber logrado estandarizar en nuestro laboratorio de Bioquímica y Nutrición, adscrito a la Facultad de Salud de la Universidad del Valle, la novedosa técnica de arreglos para PCR por cuantificación por PCR en tiempo real (EpiTect Methyl II PCR Arrays), nos permitió no solo la detección eficiente del estado de metilación de un gran número de genes de manera simultánea, superando el poder de análisis de técnicas epigenéticas como la secuenciación de la región promotora post-tratamiento con bisulfito, sino también, nos hace pioneros en el país, en la aplicación de esta técnica genómica para la investigación básica en búsqueda de biomarcadores candidatos a nivel epigenético por ontología génica (GO).
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Efecto de la suplementación con micronutrientes antioxidantes durante el embarazo, sobre el estrés oxidativo, la función vascular y modificaciones epigenéticas.
    (2019-09-30) Ortega Avila, José Guillermo; Aguilar de Plata, Ana Cecilia
    La función vascular materna es considerada un factor crítico para el apropiado desarrollo del embarazo y el feto, esta función puede ser modificada por medio de estados de estrés oxidativo que pide cambiar el funcionamiento del endotelio. Estudios observacionales durante embarazos normales han reportado un incremento fisiológico de varios biomarcadores de estrés oxidativo, sin embargo el exceso de radicales libres de oxigeno también ha sido relacionado con difusión endotelial materna, disminución de la actividad del Óxido nítrico (NO.) y alteraciones en el desarrollo fetal. Estudios recientes han mostrado que el desarrollo durante el embarazo de condiciones asociadas con estrés oxidativo intrauterino pide aumenta el riesgo para presentar enfermedades crónicas como las enfermedades cardiovasculares (ECV) durante la etapa adulta. Dentro de los mecanismos propuestos para explicar este hallazgo, se ha sugerido que adaptaciones epigéneticas intrauterinas como la metilación de citosinas y/o cambios en la expresión de ARNs largos no codificantes podrían estar involucrados. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue evaluar el efecto del consumo de un suplemento con micronutrientes antioxidantes durante la gestación sobre la función vascular materna y neonata, así como estudiar su efecto sobre cambios epigéneticos con la metilación de promotores y expresión de ARNs largos no codificantes en placenta.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Evaluación de proteínas que controlan el mecanismo de defensa anti estrés oxidativo en la placenta.
    (2019-09-30) Urbano Cerón, Frankly Javier; Aguilar de Plata, Ana Cecilia; Castillo, Andrés Orlando
    La preeclamsia es un desorden del embarazo que afecta entre el 7 y el 10% de las gestantes. Es una enfermedad que se caracteriza por tener origen multisistémico y es la principal causa de morbilidad y mortalidad en madres, feto y neonatos. Se desarrolla a partir de la semana 20 del periodo gestacional o frecuentemente al término del mismo, se presenta como una triada de signos como edema, presión arterial elevada y en algunos casos proteinuria. La preeclamsia se ha relacionado con el estado de estrés oxidativo de la circulación materna. La placenta es un órgano transitorio con una alta actividad metabólica y biosintética, debido a que es responsable del control del transporte de nutrientes y desechos durante el embarazo y es susceptible al daño oxidativo debido a posible deficiencia en la respuesta antioxidante. En estado de preeclamsia los efectos de la baja perfusión sanguínea son mayores, lo cual conlleva a hipoxia tisular con el subsecuente aumento del estrés oxidativo y se ha observado también disminución de algunos marcadores de defensa antioxidante. Las proteínas Nrf2 y Keap1 son dos factores de transcripción encargados de modular la respuesta antioxidante y son pocos los estudios que se han adelantado en relación con su función en preeclamsia. Es por ello que el objetivo de este trabajo fue evaluar los niveles de Nrf2 y Keap1 en la placenta y establecer la asociación con los eventos de preeclamsia en las gestantes. Para alcanzar los objetivos se utilizaron muestras de placenta e información de la base de datos sociodemográficos del ensayo clínico ¿Efecto de los micronutrientes y del ejercicio en el embarazo, sobre factores relacionados con enfermedades crónicas no transmisibles¿ código: NCT00872365, se seleccionaron muestras de mujeres embarazadas sanas y de aquellas que manifestaron preeclamsia al final del embarazo. Las muestras fueron lisadas para obtener el extracto de proteína total. Estos extractos se analizaron utilizando la técnica de inmuno-detección por Western Blot y el nivel de las proteínas Nrf2 y Keap1 se cuantificó por densidad óptica. Los resultados encontrados en este trabajo muestran que en la placenta de mujeres con diagnóstico de preeclampsia, los niveles de Nrf2 tienden a ser más elevados, en contraposición con los niveles de Keap 1 que se pueden encontrar bajos. También las regiones promotoras de los genes de Nrf2 y Keap1 se encontraron totalmente desmetiladas. Por tanto los mecanismos que regulan los niveles de Nrf2 y Keap1 en preeclampsia no son explicables a través de la metilación del ADN.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Genomic study of the critical region of chromosome 21 associated to Down syndrome.
    (2011-11-10) Montoya, Julio César; Soto, Juliana; Satizábal, José María; Sánchez, Adalberto; García Vallejo, Jesús Felipe
    Introduction: Previous reports have identified a region of chromosome 21 known as Down ayndrome critical region (DSCR) in which the expression of some genes would modulate the main clinical characteristics of this pathology. In this sense, there is currently limited information on the architecture of the DSCR associated. Objective: To obtain in silico a detailed vision of the chromatin structure associated with the evaluation of genomic covariables contained in public data bases. Methods: Taking as reference the information consigned in the National Center for Biotechnology Information, the Genome Browser from the University of California at Santa Cruz and from the HapMap project, a chromosome walk along 21 Mb of the distal portion of chromosome 21q arm was performed. In this distal portion, the number of single nucleotide polymorphisms (SNP), number of CpG islands, repetitive elements, recombination frequencies, and topographical state of that chromatin were recorded. Results: The frequency of CpG islands and Ref genes increased in the more distal 1.2 Mb DSCR that contrast with those localized near to the centromere. The highest level of recombination calculated for women was registered in the 21q22.12 to 22.3 bands. DSCR 6 and 9 genes showed a high percentage of methylation in CpG islands in DNA from normal and trisomic fibroblasts. The DSCR2 gene exhibited high levels of open chromatin and also methylation in some lysine residues of the histone H3 as relevant characteristics. Conclusion: The existence of a genomic environment characterized by high values of recombination frequencies and CpG methylation in DSCR 6 and 9 and also DSCR2 genes led us to postulate that in non-disjunction detected in Down syndrome, complex genomic, epigenetic and environmental relationships regulate some processes of meiosis. Introducción: Análisis previos han identificado una región del cromosoma 21, conocida como región crítica del síndrome de Down (DSCR) en donde se localizan algunos genes cuya expresión modularía las principales características clínicas de este síndrome. En este sentido, existe poca información detallada sobre la arquitectura de la cromatina asociada con la DSCR. Objetivo: Obtener in silico, a partir de la evaluación de covariables genómicas contenidas en bases de datos públicas, una visión detallada de la estructura cromatina asociada con la DSCR. Métodos: Tomando como referencia la información consignada en el National Center for Biotechnology Information, el Genome Browser de la Universidad de California en Santa Clara y el proyecto internacional HapMap, se efectuó un paseo cromosómico a lo largo de 21Mb de la porción distal del brazo q del cromosoma 21, para registrar el número de polimorfismos de nucleótido único, el de islas CpG, de secuencias repetidas, las tasas de recombinación y el estado topológico de la cromatina asociada. Resultados: La frecuencia de islas CpG y de genes referenciados se incrementó en los últimos 1,2 Mb de la región distal en contraste con su distribución pericentromérica. La mayor tasa de recombinación calculada en este estudio para mujeres se registró en las bandas 21q22.13 y 21q22.3. Los genes DSCR 6 y 9 presentaron un elevado grado de metilación en islas CpG tanto en fibroblastos normales como en trisómicos. En el gen DSCR2 se observó un alto grado de descondensación cromatínica, además de metilación de diferentes residuos de lisina de la histona H3. Conclusiones: La existencia de un ambiente genómico caracterizado por tener elevadas tasas de recombinación y de metilación de genes DSCR 6 y 9, permite postular que en la no disyunción asociada con el SD, operarían complejas interacciones genómicas, epigenéticas y ambientales que actuarían en algunos procesos meióticos.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Metilación CpG en la región crítica del síndrome de down (DSCR).
    (Universidad del Valle, 2014) Vinasco Pacheco, Karla Alexandra; García Vallejo, Jesús Felipe
    La metilación CpG en el ADN es un mecanismo epigenético implicado en la regulación de la expresión génica, cuyos patrones son específico para cada tipo de tejido, y su conocimiento resulta importante para el entendimiento de enfermedades como el Síndrome de Down (SD). Se tomaron como referencia los valores de metilación CpG consignados en las bases de datos del NCBI, UCSC y el proyecto NAME21, para genes de la Región Crítica del Síndrome de Down (DSCR), en la corteza prefrontal, en promotores de tipos celulares (Leucocitos normales, Fibroblastos normales, HEK293, Fibroblastos trisómicos 21 y HepG2) y la metilación génica (HeLa-S3, HepG2, IMR90 y Hepatocitos normales). En la corteza prefrontal, los genes DSCR6 y RCAN1, presentaron un elevado nivel metilación CpG. En los de promotores de DYRK1A, KCNJ6, BACE2 y RUNX1 se registraron los más altos porcentajes de metilación CpG.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Perfiles de metilación de genes localizados en la región crítica del síndrome de down en el DNA de madres sanas y sus hijos con síndrome de down de la ciudad de Cali.
    (2019-10-15) Alarcón, Jairo; Satizábal Soto, José María; Sánchez Gómez, Adalberto; Montoya Villegas, Julio César; Moreno, Lina Johanna; Fajardo Colorado, Dianora; Ruiz, Daniela Fernanda; Abonía Cabezas, María Alejandra
    La epigenética se refiere a la regulación heredable de la expresión génica sin cambio en la secuencia de nucleótidos. Muchas investigaciones han mostrado como las alteraciones epigenéticas pueden conducir a varias patologías, lo que ha incrementado los estudios sobre la influencia de los procesos de metilación en genes cruciales de muchas enfermedades. A pesar de ello, existe muy poco conocimiento acerca de perfiles de metilación de DNA en genes asociados con el Síndrome de Down (SD) y la manera cómo los factores epigenéticos pueden estar involucrados en su etiopatogenia. Por tal motivo, se analizaron los perfiles de metilación de las secuencias promotoras de 10 genes localizados en la región crítica del Síndrome de Down (DSCR). Para ello se obtuvieron muestras de sangre de madres sanas de diferentes edades (menores de 20 años, de 21 a 34 años y mayores de 35 años) y sus hijos con SD, más un grupo control de madres sanas en los mismos rangos de edad y sus hijos no afectados en el Valle del Cauca. Se extrajo el DNA de las muestras y se cuantifico el porcentaje de islas CpG metiladas de los promotores de los 10 genes DSCR. Los resultados obtenidos evidenciaron perfiles diferenciales de metilación en la mayoría de los promotores de los genes DSCR entre los pacientes con síndrome de Down y el grupo control. Igualmente, esas mismas regiones promotoras mostraron diferencias de metilación entre los tres grupos de madres analizadas frente a sus controles. Estos resultados proporcionan evidencia sobre cómo ciertos mecanismos epigenéticos podrían influir tanto en el riesgo de tener un hijo con SD como en la patogénesis del SD misma, además de proponer genes candidatos que podrían contribuir grandemente en el fenotipo neurocognitivo observado en los pacientes con síndrome de Down