Examinando por Materia "Genotype"

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    Analysis of HLA-A, HLA-B, HLA-DRB1 allelic, genotypic, and haplotypic frequencies in colombian population.
    (2011-11-11) Arias Murillo, Yazmín Rocío; Castro Jiménez, Miguel Ángel; Ríos Espinosa, María Fernanda; López Rivera, Juan Javier; Echeverry Coral, Sandra Johanna; Martínez Nieto, Oscar
    Introduction: The high polymorphism of the HLA system allows its typification to be used as valuable tool in establishing association to various illnesses, immune and genetic profiles; it also provides a guide to identifying compatibility among donors and receptors of organs transplants. Objective: To establish HLA-A, HLA-B, and HLA.DRB1 allele, genotype and haplotype frequencies among patients treated at Clinica Colsanitas SA. Methods: 561 patients coming from different regions in Colombia, who were attended in 8 centers of the clinical laboratory of the Clinica Colsanitas in different cities of the country from January 2004 to August 2008, were included in this study. All were HLA-A,-B, and -DRB1 typified via SSP PCR. Allele, genotype and haplotype frequencies were estimated with STATA Software Version 9.0 and the GENEPOP genetic analysis package. Results: 19, 28, and 15 different alleles were identified for loci HLA-A,-B and -DRB1, respectively. Alleles found most frequently were A*24 (26.2%), A*02 (26%), B*35(22.7%), and DRB1*04 (24%). The most frequent genotypes were A*02,24 (14.2%), B*07,35 (5.5%), DRB1*01,04, and DRB1*04,04 (6.9%); while most the frequent haplotypes were HLA A*24, B*35 (9.2%), A*24, DRB1*04 (8.1%); B*35, DRB1*04 (7.8%), A*2 DRB1*04 (7.4%). Conclusion: The results obtained provide a useful reference framework for the population studied, allowing compatibility probability calculations to be performed for organ transplants. Introducción: El alto polimorfismo del sistema HLA, hace que su tipificación sea una herramienta de gran valor al establecer asociación con diferentes enfermedades, patrones inmunológicos, antropogenéticos, así como para establecer probabilidades de encontrar donantes compatibles con receptores de diferentes tipos de trasplante de órganos. Objetivo: Establecer las frecuencias alélicas, genotípicas y haplotípicas en pacientes atendidos en la Clínica Colsanitas SA. Metodología: Se incluyeron un total de 561 pacientes atendidos en el Laboratorio Clínico de La Clínica Colsanitas SA, en 8 sedes en diferentes ciudades del Colombia, durante el período comprendido entre enero de 2004 a agosto de 2008. Se realizó tipificación de HLA -A,-B,-DRB1 por PCR SSP. Las frecuencias alélicas, genotípicas y haplotípicas fueron estimadas mediante el paquete estadístico Stata y el paquete de análisis genético Genepop. Resultados: Fue posible la identificación de 19, 28 y 15 alelos de los loci HLA A-B-DRB1 respectivamente, de los cuales los más frecuentes fueron A*24 (26.2%), A*02 (26%), B*35 (22.7%), DRB1*04 (24%). Los genotipos más frecuentes encontrados fueron A*02,24 (14.2%), B*07,35 (5.5%), DRB1*01,04 y DRB1*04,04 (6.9%). Los haplotipos más frecuentes fueron: HLA A*24, B*35 (9.2%), A*24, DRB1*04 (8.1%); B* 35, DRB1*04 (7.8%), A*2 DRB1*04 (7.4%). Conclusión: Los resultados obtenidos permiten tener referencia para aplicaciones en la población estudiada, así como para establecer probabilidades de compatibilidad en la creciente área de trasplante de órganos.
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    Genotype frequencies of C/T-13910 and G/A-22018 polymorphisms in a Colombian Caribbean population do not correspond with lactase persistence prevalence reported in the region.
    (2011-11-16) Mendoza, Evelyn; Hernández, Adriana Carolina; Wilches, Ricardo; Varela, Lourdes Luz; Villareal, José Luis; Barrera, Luis Alejandro; Villanueva, Daniel Antonio
    Introduction: The C/T-13910 and G/A-22018 polymorphisms located upstream of the lactase gene are reliable predictors of lactase persistence in Caucasian-derived populations. Assessing the presence and distribution of these polymorphisms in other populations is central to developing genotyping assays and understanding the evolutionary mechanism behind this trait in several human populations. Objective: Genotyping the C/T-13910 and G/A-22018 polymorphisms in a sample of Colombian Caribbean individuals. Materials and methods: The polymorphisms were identified through Polymerase Chain Reaction/Restriction Fragment Length Polymorphism. Amplified fragments were digested using Hinf I and Hha I. Arlequin v. 3.1 was used to determine allelic and genotypic frequencies, Hardy Weinberg equilibrium, and linkage disequilibrium. Results: Genotypic frequencies were CC (81.4%), CT (18.6%), and TT (0%) for the C/T-13910 polymorphism. Frequencies were AA (55.5%), GA (45.5%), and GG (0%) for the G/A-22018 polymorphism. No linkage disequilibrium was found between the two loci. Only the locus containing the C/T-13910 polymorphism was found in Hardy Weinberg equilibrium. Conclusion: The allelic and genotypic distributions observed in this first genotyping study in a Colombian Caribbean population indicate a distribution pattern different from the one of the North European Caucasians and do not correspond to the lactase persistence prevalence reported for Caribbean populations. Introducción: Los polimorfismos C/T-13910 y G/A-22018, que se localizan corriente arriba del gen de la lactasa son predictores confiables de la persistencia de lactasa en poblaciones derivadas de caucásicos. Conocer la presencia y distribución de esos polimorfismos en otras poblaciones es fundamental para el desarrollo de métodos de diagnóstico de lactasa persistencia y para comprender los mecanismos evolutivos de este fenotipo en seres humanos. Objetivo: Genotipificar los polimorfismos C/T-13910 y G/A-22018 en una muestra de sujetos caribeños colombianos. Materiales y métodos: Los polimorfismos se identificaron mediante la digestión de productos amplificados, que se hizo con Hinf I y Hha I. Se usó el programa Arlequín versión 3.1 para determinar las frecuencias alélicas y genotípicas, el equilibrio de Hardy-Weinberg y el desequilibrio de ligamiento. Resultados: Para el polimorfismo C/T-13910 las frecuencias genotípicas fueron CC (81.4%), CT (18.6%) y TT (0%), mientras que para el polimorfismo G/A-22018 fueron AA (55.5%), GA (45.5%) y GG (0%). No se encontró desequilibrio de ligamiento entre los loci que contienen los polimorfismos y sólo el polimorfismo C/T-13910 está en equilibrio de Hardy-Weinberg en comparación con G/A-22018. Conclusión: Las distribuciones alélicas y genotípicas observadas en este primer estudio de genotipificación en una muestra de la población caribeña colombiana muestra un patrón de distribución diferente del encontrado en poblaciones caucásicas del norte de Europa y no corresponden con la prevalencia de lactasa persistencia que se ha informado en caribeños.