Examinando por Materia "Genotyping"

Mostrando 1 - 3 de 3
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    La genotipificación y fenotipificación de la resistencia del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) a los fármacos antirretrovirales.
    (2014-01-14) García Vallejo, Jesús Felipe; Domínguez, Martha Cecilia
    En diciembre de 2002 existía en el mundo 42 millones de personas infectadas por el virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1). Cómo se ha llegado a esta cifra, es una de las preguntas que tiene como base de respuesta la gran adaptación evolutiva del virus. Las poblaciones del VIH-1 replican como distribuciones complejas de genomas diferentes, pero genéticamente relacionadas, denominadas cuasiespecies. Así, las cepas virales que circulan alrededor del mundo presentan gran heterogeneidad de genotipos distribuidos como agrupaciones genéticas naturales con distribuciones geográficas características y dinámicas de infección y dispersión diferentes. El aumento de la capacidad de acción antiviral, facilitado por el desarrollo de nuevos fármacos, ha incrementado la frecuencia de mutantes virales resistentes. Este nuevo panorama evolutivo dificulta la aplicación de una terapia antirretroviral exitosa. Numerosos estudios retrospectivos realizados a lo largo de los años han demostrado la correlación entre la presencia de mutaciones y el fracaso terapéutico de la infección por el virus. En tal sentido ha sido importante desarrollar pruebas de genotipificación y fenotipificación que puedan discriminar las mutaciones asociadas con la resistencia a un determinado antirretroviral. Aunque no son instrumentos completamente seguros, si se convierten en herramientas poderosas para poder diseñar de manera más confiable tratamientos terapéuticos más efectivos y que retarden al máximo la aparición de cepas resistentes. Además, se pueden emplear en la vigilancia fina de la pandemia del SIDA/VIH uno de los problemas más graves de salud pública del mundo actual. By December of 2002 there was in the world approximately 42 millions of people infected with the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1). How is this number had been achieved can be partially answered on the basis on its high evolutionary capacity of adaptation. HIV-1 populations replicate as complex distribution of viral genomes genetically related termed as quasispecies. In this sense the viral strains that circulate around the world exhibit wide heterogeneity of genotypes which are distributed as natural clades with different geographical and infection dynamics. The actual progress of the antiviral capacity, in part facilitated by the developing of new antiretroviral drugs, has increased de frequency of new viral resistant mutants. This new evolutionary landscape has difficultated the approaching to a successful antiretroviral therapy. Several epidemiological studies have shown the correlation between the emergency of new mutations and the failt of antiviral therapy. In this it has been important to develop effective genotyping and phenotyping tests that screened the mutations associated with the exposition to a defined antiretroviral drug. Although these tests are not completely safe, they are powerful tools to help the design of more trustable therapies which delay at maximum the appearance of resistant mutants. Moreover genotyping tests can be used in the epidemiological surveillance of AIDS/HIV pandemic one of the most important problem of public health in the world.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Genotype frequencies of C/T-13910 and G/A-22018 polymorphisms in a Colombian Caribbean population do not correspond with lactase persistence prevalence reported in the region.
    (2011-11-16) Mendoza, Evelyn; Hernández, Adriana Carolina; Wilches, Ricardo; Varela, Lourdes Luz; Villareal, José Luis; Barrera, Luis Alejandro; Villanueva, Daniel Antonio
    Introduction: The C/T-13910 and G/A-22018 polymorphisms located upstream of the lactase gene are reliable predictors of lactase persistence in Caucasian-derived populations. Assessing the presence and distribution of these polymorphisms in other populations is central to developing genotyping assays and understanding the evolutionary mechanism behind this trait in several human populations. Objective: Genotyping the C/T-13910 and G/A-22018 polymorphisms in a sample of Colombian Caribbean individuals. Materials and methods: The polymorphisms were identified through Polymerase Chain Reaction/Restriction Fragment Length Polymorphism. Amplified fragments were digested using Hinf I and Hha I. Arlequin v. 3.1 was used to determine allelic and genotypic frequencies, Hardy Weinberg equilibrium, and linkage disequilibrium. Results: Genotypic frequencies were CC (81.4%), CT (18.6%), and TT (0%) for the C/T-13910 polymorphism. Frequencies were AA (55.5%), GA (45.5%), and GG (0%) for the G/A-22018 polymorphism. No linkage disequilibrium was found between the two loci. Only the locus containing the C/T-13910 polymorphism was found in Hardy Weinberg equilibrium. Conclusion: The allelic and genotypic distributions observed in this first genotyping study in a Colombian Caribbean population indicate a distribution pattern different from the one of the North European Caucasians and do not correspond to the lactase persistence prevalence reported for Caribbean populations. Introducción: Los polimorfismos C/T-13910 y G/A-22018, que se localizan corriente arriba del gen de la lactasa son predictores confiables de la persistencia de lactasa en poblaciones derivadas de caucásicos. Conocer la presencia y distribución de esos polimorfismos en otras poblaciones es fundamental para el desarrollo de métodos de diagnóstico de lactasa persistencia y para comprender los mecanismos evolutivos de este fenotipo en seres humanos. Objetivo: Genotipificar los polimorfismos C/T-13910 y G/A-22018 en una muestra de sujetos caribeños colombianos. Materiales y métodos: Los polimorfismos se identificaron mediante la digestión de productos amplificados, que se hizo con Hinf I y Hha I. Se usó el programa Arlequín versión 3.1 para determinar las frecuencias alélicas y genotípicas, el equilibrio de Hardy-Weinberg y el desequilibrio de ligamiento. Resultados: Para el polimorfismo C/T-13910 las frecuencias genotípicas fueron CC (81.4%), CT (18.6%) y TT (0%), mientras que para el polimorfismo G/A-22018 fueron AA (55.5%), GA (45.5%) y GG (0%). No se encontró desequilibrio de ligamiento entre los loci que contienen los polimorfismos y sólo el polimorfismo C/T-13910 está en equilibrio de Hardy-Weinberg en comparación con G/A-22018. Conclusión: Las distribuciones alélicas y genotípicas observadas en este primer estudio de genotipificación en una muestra de la población caribeña colombiana muestra un patrón de distribución diferente del encontrado en poblaciones caucásicas del norte de Europa y no corresponden con la prevalencia de lactasa persistencia que se ha informado en caribeños.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    NAT2 gene polymorphisms in three indigenous groups in the Colombian Caribbean Coast region.
    (2015-02-10) Arias, I.; Lecompte, N.; Visbal, L.; Curiel, I.; Hernández, E.; Garavito, P.; Silvera-Redondo, C.
    Objective: To study the NAT2 gene polymorphisms 481T, 590A and 857A in the Chimila, Wiwa and Wayuu indigenous groups of the Colombian Caribbean to determine the frequencies of the alleles NAT2*4, NAT2*5, NAT2*6, and NAT2*7 and to determine the types of acetylators present in these populations. Methods: A total of 202 subjects were studied: 47 Chimila, 55 Wiwa, and 100 Wayuu. The polymorphisms were identified using a real-time PCR method for allelic discrimination designed using Taqman of Applied Biosystems. Results: The following alleles were found at the highest frequency in the following groups: the NAT2*4 allele (wild type) in the Wayuu group (55.3%), the NAT2*5 allele in the Wiwa group (34.5%), and the NAT2*7 allele in the Chimila group (24.2%). A higher frequency of the rapid acetylator status was found in the Wayuu group (31.3%) and Chimila group (29.5%) compared with the Wiwa group (12.7%). The intermediate acetylator status distribution was very similar in all three groups, and the frequency of the slow acetylator status was higher in the Wiwa group (32.7%) compared with the Chimila and Wayuu groups (20.5% and 21.2%, respectively). Conclusion: The results demonstrated the allelic distribution and pharmacogenetic differences of the three groups studied and revealed the most frequent acetylator status and phenotype. Because of the high prevalence of slow acetylators, a greater incidence of tuberculosis (TB) drug-induced hepatotoxicity is predicted in these populations, with a higher frequency in the Wiwa group. Objetivo: Estudiar los polimorfismos tipo SNP (del ingléssingle nucleotide polymorphism) 481T, 590A y 857A del gen NAT2, en los grupos indígenas Chimila, Wiwa y Wayúu del Caribe Colombiano para determinar las frecuencias de los alelos NAT2*4, NAT2*5, NAT2*6 y NAT2*7 y caracterizar el tipo de acetiladores presentes en estas poblaciones. Métodos: Se estudiaron 202 individuos en total, 47 Chimila, 55 Wiwa y 100 Wayúu. Los polimorfismos se determinaron mediante la técnica de PCR en tiempo real por el método de discriminación alélica Taqman de Applied Biosystems. Resultados: El alelo NAT2*4 (wild type) mostró una mayor frecuencia en el grupo Wayúu (55.3%), el alelo NAT2*5 en el grupo Wiwa (34.5%) y el alelo NAT2*7 en el grupo Chimila (24.2%). Se encontró una mayor frecuencia del estado acetilador rápido en el grupo Wayúu (31.3%) y en el grupo Chimila (29.5%) al compararse con el grupo Wiwa (12.7%). La distribución del estado acetilador intermedio es muy similar en los tres grupos, y para el estado acetilador lento observamos que en el grupo Wiwa la frecuencia es mayor (32.7%) con respecto a Chimila y Wayúu con 20.5% y 21.2% respectivamente. Conclusiones: Los resultados permitieron conocer la distribución alélica y el componente farmacogenético de los tres grupos estudiados; igualmente, deducir el estado acetilador y/o fenotipo más frecuente. Debido a la alta prevalencia de acetiladores lentos, se podría predecir un aumento de la incidencia de hepatotóxicidad inducida por medicamentos antituberculosos como la Isoniacida indicados en estas poblaciones y en mayor frecuencia en el grupo Wiwa.