Examinando por Materia "Marcadores moleculares"

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    PublicaciónAcceso abierto
    Conectividad genética de poblaciones naturales de la piangua (Anadara tuberculosa y Anadara similis) en la costa Pacífica colombiana estimada a partir de marcadores moleculares microsatélites.
    (2018-04-23) Cantera Kintz, Jaime Ricardo; Cárdenas, Heiber; Fuentes, Ángela; González, Fanny; Quesada, Suany; Gil, Julián; Gallo, Jenny
    Anadara tuberculosa y Anadara similis, especies conocidas bajo el nombre común “piangua”, son bivalvos marinos que habitan las áreas de manglar, generalmente cerca de las raíces del mangle rojo. Presentan un ciclo de vida dual, con una etapa adulta bentónica y una etapa larval pelágica. Estos bivalvos soportan la principal pesquería artesanal de moluscos en la costa Pacífica Americana desde Baja California hasta Perú. En Colombia la extracción de A. tuberculosa se ha incrementado en los últimos años debido a la alta demanda por parte de Ecuador. Esto ha ocasionado una explotación descontrolada del recurso y una disminución de las poblaciones naturales, lo que ha llevado a que estas especies sean catalogadas en amenaza. Para avanzar en el desarrollo de estrategias de uso sostenible de la piangua es importante estimar el grado de conectividad existente entre poblaciones, de manera que se puedan dirigir los esfuerzos de conservación. Una de las estrategias más utilizadas para estimar dicha conectividad es estudiar la genética de poblaciones de estos organismos usando marcadores moleculares. En esta investigación se analizaron 152 individuos de A. tuberculosa provenientes de 9 localidades distribuidas a lo largo de la costa Pacífica colombiana con base en la variación alélica de 8 loci microsatélites, los cuales fueron identificados y caracterizados por primera vez para la especie en este estudio. Todos los loci son polimórficos, con un número de alelos (Na) entre 10 (AT07) y 62 (AT01). El número efectivo de alelos fue de 3,4 (AT07) a 29,87 (AT01). La heterocigosidad media observada (HO) fue de 0,289 (AT05) a 0,742 (AT14), mientras que la heterocigosidad media esperada (HE) fue de 0,589 (AT13) a 0,97 (AT01). La mayoría de los loci analizados mostraron desviaciones significativas del equilibrio de Hardy-Weinberg (5/8) lo cual puede ser producto de la presencia de alelos nulos. Sin embargo, se ajustan significativamente al modelo de máxima varianza (frecuencia alélica igual al inverso del número de alelos por marcador). Todos los estimadores de diferenciación genética global calculados, incluyendo los corregidos para alelos nulos con el método ENA, mostraron valores similares cercanos o iguales a cero indicando ausencia de estructura genética poblacional (FST= 0.0012, G´ST= 0.0068, Djost= 0, FST (con ENA)= -0,001051, y FST (No ENA)= -0,003052). Lo mismo se obtuvo en los estimadores de diferenciación genética por parejas de poblaciones. El análisis jerárquico de estructura poblacional AMOVA tampoco indico estructura significativa para el FST (0,002; P=0,071). El programa STRUCTURE indicó que el número más probable de poblaciones en las muestras analizadas es K=1. Estos resultados indican que las poblaciones naturales de A. tuberculosa estudiadas no muestran estructura genética significativa, de lo cual se infiere que se comportan como una sola población genética panmictica en la región de la costa Pacífica de Colombia. Las características biológicas de la especie sumadas a las condiciones oceanográficas de la región permiten inferir que esta especie tiene un alto potencial dispersivo en su estado larval abarcando los cerca de 1700 Km de costa en el Pacífico de Colombia lo cual es soportado por los datos genéticos obtenidos.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Heredabilidad de descriptores morfológicos naturales y asociados a la producción en variedades de interés comercial de Capsicum
    (Universidad del Valle, 2020) Peñuela, Mauricio; Cárdenas Henao, Heiber
    El ají se ha convertido en una fuente de ingresos promisoria para el sector agrícola del suroccidente colombiano, debido a la alta productividad alcanzada en la región y su elevada demanda internacional. Conocer el comportamiento fenotípico de un cultivo y la herencia de sus rasgos es objetivo prioritario para programas interesados en explorar selección direccional enfocada al incremento o disminución de un rasgo en particular, lo que podría potencialmente “mejorar” las cualidades del cultivo. En esta investigación se realizó la caracterización morfológica de rasgos vegetativos y productivos de las variedades comerciales de ají Tabasco (Capsicum frutescens), Cayena (Capsicum annuum) y Habanero (Capsicum chinense) para conocer el comportamiento fenotípico de este material vegetal extensamente cultivado en la región. También se desarrolló una caracterización molecular con el objetivo de obtener una descripción genotípica. A partir de los datos fenotípicos obtenidos para la variedad Tabasco, se calculó la heredabilidad de los diferentes rasgos a partir de la metodología regresión progenitor progenie, la cual requiere un diseño experimental basado en familias, un amplio número de familias y dos generaciones de cultivo. Posteriormente, para conocer si una metodología alternativa podría ofrecer los mismos resultados con menor número de muestra y en una sola generación, se calculó la heredabilidad de los rasgos usando parentescos estimados con marcadores moleculares para las tres variedades comerciales. Los resultados detallan parámetros fenotípicos y genotípicos del material vegetal evaluado y evidencian el poco potencial heredable de los rasgos, posiblemente debido a la reducción de la diversidad genética producto de previos programas de selección. No obstante, se confirma la fuerte incidencia del ambiente en la 11 respuesta fenotípica de estos cultivos, por lo que se recomienda a los productores la evaluación de los materiales en distintas condiciones y estimación de interacciones genotipo-ambiente para conocer qué condiciones pueden “mejorar” las cualidades de los cultivos. Finalmente, se demostró que la estimación de heredabilidad usando parentesco estimado con marcadores moleculares, ofrece resultados similares a los obtenidos con los métodos clásicos y se propone su uso extendido en diferentes tipos de cultivos para disminuir los tiempos y costos asociados a las estimaciones de heredabilidad en programas de mejoramiento genético.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Identificación de microsatélites polimórficos por ampliación cruzada en anadara similes (mollusca: Arcidae) [recurso electrónico]
    (2015-02-11) Gil Saavedra, Julián Andrés
    Los microsatélites son marcadores moleculares usados con frecuencia en estudios de genética de poblaciones, aunque su desarrollo es un proceso costoso y prolongado. Un método que permite ahorrar tiempo y dinero es la amplificación cruzada, que consiste en amplificar el ADN de una especie determinada (especie objetivo) utilizando cebadores diseñados para una especie cercana (especie fuente). Usando este método se evaluó en Anadara similis el contenido informativo de 24 loci microsatélites, desarrollados en Anadara tuberculosa. Para ello, se estandarizó la extracción de ADN de A. similis y se probaron diferentes protocolos de amplificación en PCR. Los resultados fueron observados en geles de poliacrilamida, analizados con el software UVIpro versión 12.4 y GenAlEx 6.5. Cinco cebadores resultaron adecuados para amplificar consistentemente microsatélites polimórficos en A. similis. Los loci polimórficos mostraron un promedio de 22,8 alelos por locus, una heterocigosidad esperada (He) entre 0,855 y 0,964, una heterocigosidad observada (Ho) entre 0,346 y 0,800. Solo se encontró un locus en Equilibrio Hardy-Weinberg (EHW). Estos resultados muestran la utilidad de la amplificación cruzada con estos cebadores para futuros estudios de genética poblacional en esta especie.