Examinando por Materia "Microsatélites"

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    Conectividad genética de poblaciones naturales de la piangua (Anadara tuberculosa y Anadara similis) en la costa Pacífica colombiana estimada a partir de marcadores moleculares microsatélites.
    (2018-04-23) Cantera Kintz, Jaime Ricardo; Cárdenas, Heiber; Fuentes, Ángela; González, Fanny; Quesada, Suany; Gil, Julián; Gallo, Jenny
    Anadara tuberculosa y Anadara similis, especies conocidas bajo el nombre común “piangua”, son bivalvos marinos que habitan las áreas de manglar, generalmente cerca de las raíces del mangle rojo. Presentan un ciclo de vida dual, con una etapa adulta bentónica y una etapa larval pelágica. Estos bivalvos soportan la principal pesquería artesanal de moluscos en la costa Pacífica Americana desde Baja California hasta Perú. En Colombia la extracción de A. tuberculosa se ha incrementado en los últimos años debido a la alta demanda por parte de Ecuador. Esto ha ocasionado una explotación descontrolada del recurso y una disminución de las poblaciones naturales, lo que ha llevado a que estas especies sean catalogadas en amenaza. Para avanzar en el desarrollo de estrategias de uso sostenible de la piangua es importante estimar el grado de conectividad existente entre poblaciones, de manera que se puedan dirigir los esfuerzos de conservación. Una de las estrategias más utilizadas para estimar dicha conectividad es estudiar la genética de poblaciones de estos organismos usando marcadores moleculares. En esta investigación se analizaron 152 individuos de A. tuberculosa provenientes de 9 localidades distribuidas a lo largo de la costa Pacífica colombiana con base en la variación alélica de 8 loci microsatélites, los cuales fueron identificados y caracterizados por primera vez para la especie en este estudio. Todos los loci son polimórficos, con un número de alelos (Na) entre 10 (AT07) y 62 (AT01). El número efectivo de alelos fue de 3,4 (AT07) a 29,87 (AT01). La heterocigosidad media observada (HO) fue de 0,289 (AT05) a 0,742 (AT14), mientras que la heterocigosidad media esperada (HE) fue de 0,589 (AT13) a 0,97 (AT01). La mayoría de los loci analizados mostraron desviaciones significativas del equilibrio de Hardy-Weinberg (5/8) lo cual puede ser producto de la presencia de alelos nulos. Sin embargo, se ajustan significativamente al modelo de máxima varianza (frecuencia alélica igual al inverso del número de alelos por marcador). Todos los estimadores de diferenciación genética global calculados, incluyendo los corregidos para alelos nulos con el método ENA, mostraron valores similares cercanos o iguales a cero indicando ausencia de estructura genética poblacional (FST= 0.0012, G´ST= 0.0068, Djost= 0, FST (con ENA)= -0,001051, y FST (No ENA)= -0,003052). Lo mismo se obtuvo en los estimadores de diferenciación genética por parejas de poblaciones. El análisis jerárquico de estructura poblacional AMOVA tampoco indico estructura significativa para el FST (0,002; P=0,071). El programa STRUCTURE indicó que el número más probable de poblaciones en las muestras analizadas es K=1. Estos resultados indican que las poblaciones naturales de A. tuberculosa estudiadas no muestran estructura genética significativa, de lo cual se infiere que se comportan como una sola población genética panmictica en la región de la costa Pacífica de Colombia. Las características biológicas de la especie sumadas a las condiciones oceanográficas de la región permiten inferir que esta especie tiene un alto potencial dispersivo en su estado larval abarcando los cerca de 1700 Km de costa en el Pacífico de Colombia lo cual es soportado por los datos genéticos obtenidos.
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    Detección de portadoras de distrofia muscular de Duchenne en familias colombianas mediante análisis de microsatélites.
    (2012-12-06) Fonseca, Dora; Tamar Silva, Claudia; Mateus, Heidi
    Introducción: Las distrofias musculares de Duchenne y Becker son enfermedades recesivas ligadas al cromosoma X; la identificación de portadoras se puede hacer por métodos directos cuando se ha identificado la mutación, o por indirectos como el análisis de haplotipos. Objetivo: Se busca establecer mediante análisis de STRs y construcción de haplotipos el estado de portadora o no portadora en 37 familias con afectados por DMD/DMB. Metodología: Se estudiaron 174 personas mediante el análisis de 10 STRs intra y extragénicos del gen de la distrofina y la construcción de haplotipos para la identificación del ligado a la mutación. Resultados: Con la metodología mencionada se logró determinar el estado de portadora en 89.2% de las mujeres participantes, de las cuales 65.7% eran portadoras y 23.5% no portadoras. Conclusiones: El análisis indirecto mediante construcción de haplotipos permitió establecer el estado de portadora en una gran proporción de la población analizada de mujeres y permitió brindar un adecuado asesoramiento genético.
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    Diversity and genetic structure analysis of three Amazonian Amerindian populations from Colombia.
    (2012-11-23) Braga, Yamid; Arias B., Leonardo; Barreto Rodríguez, Guillermo
    Introducción: En los departamentos del Vaupés y el Guaviare, al Suroriente de Colombia, en un área transicional entre la Amazonía y los Llanos Orientales, habitan pueblos indígenas de las familias lingüísticas Tucano (Oriental) y Guahibo. Se han hecho estudios sobre la cultura y la cosmología de dichos grupos, pero poco se ha investigado sobre su diversidad biológica y sus relaciones genéticas. Objetivo: Estimar la diversidad, la estructura y las relaciones genéticas de dos poblaciones Tucano Oriental y un grupo Guayabero (Guahibo) de la Amazonía colombiana. Metodología: Se recolectaron muestras de 106 individuos no emparentados, pertenecientes a comunidades indígenas del Vaupés y el Guaviare. Se tipificaron nueve microsatélites autosómicos. Se estimó la heterocigosidad, la diversidad génica, FST y FST pareados entre grupos. Se realizó una prueba de estructura espacial y se construyó un árbol de distancias genéticas con otras poblaciones indígenas amazónicas, Andinas y centroamericanas. Resultados: La diversidad genética se encuentra en el rango estándar de otras poblaciones amazónicas, pero es más baja que en población mestiza y afrodescendiente de Colombia. Los Tucano Oriental del Vaupés y el Guaviare conforman una unidad genética que se diferencia significativamente de los Guayaberos. Los grupos Tucano están más cerca genéticamente de las poblaciones amazónicas brasileras que de los Guayabero. Conclusión: Los resultados de este estudio sugieren que los Guayaberos en el Guaviare, están diferenciados genéticamente de los grupos Tucano del Vaupés y de los Tucano del Refugio en el Guaviare. Introduction: In the departments of the Vaupés and Guaviare, in southeastern Colombia, in a transitional area between Amazonia and the eastern plains, inhabit indigenous groups belonging to the Tukanoan (East) and Guahiban linguistic families. Although some studies have dealt with the culture and the cosmology description of these groups, little research has been done on the biological diversity and genetic relationships of such groups. Objective: To estimate the diversity, the structure, and the genetic relationships of one Guahiban and two Tukanoan groups of the Colombian Amazonian region. Methods: Samples were collected (n = 106) from unrelated individuals belonging to the Vaupés native indigenous communities. The DNA was extracted and nine autosomal microsatellites were typed. Several measures of diversity, FST, pairwise FST, and population differentiation between groups were calculated. Finally, it was estimated the genetic distances of the groups studied in relation with other Amazonian, Andean and Central American indigenous people. Results: 1. The genetic diversity found stands within the range of other Amazonian populations, whereas compared to the mestizo and afro-descendant Colombian populations, such diversity showed to be lower. 2. The structure and population differentiation tests showed two clusters; one consisting of the Vaupés Tukanoan and Guaviare Tukanoan groups, and a second one formed by the Guayabero. 3. Tukanoan groups are found to be closer related to the Brazilian Amazonian populations than to the Guayabero. Conclusion: The results of this study suggest that the Guayabero group from Guaviare, are genetically differentiated from those Tukanoan groups of the Vaupés and Guaviare.
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    Estructura del paisaje como modelador del flujo génico de dos especies de hormigas cazadoras en la zona cafetera de los Andes.
    (Universidad del Valle, 2019-02-16) Armbrecht, Inge; Fong, Cristian; Herrera Rangel, Janine; Grupo de investigación en Ecología de Agroecosistemas y Hábitats Naturales – GEAHNA
    La reducción antropogénica de las áreas boscosas es una de las principales causas de pérdida de diversidad biológica y su resultado se refleja en la conformación de los paisajes rurales, en donde los fragmentos de bosque quedan embebidos en diversos hábitats antropogénicos. Este panorama es típico en los Andes Colombianos, que presenta un 70% de pérdida de hábitat. Para formular estrategias futuras de conservación mejorando la conectividad de la matriz agrícola se planteó este estudio para determinar cómo el hábitat transformado típico de un paisaje rural afecta la estructura genética de dos especies de hormigas cazadoras (Gnamptogeys bisulca, propia de bosques y Ectatomma ruidum, propia de zonas abiertas) de los Andes Colombianos, y cómo éstas responden, dependiendo de su preferencia al hábitat, biología e historia natural. Se colectaron las dos especies en áreas rurales del municipio de La Celia (Risaralda). Se hizo un análisis poblacional utilizando seis marcadores polimórficos para Gnamptogeys bisulca y 17 para Ectatomma ruidum. Se realizaron cálculos de Fsts y de distancia inter-individuos. Para Ectatomma ruidum se encontró que esta especie no presentó ningún grado de estructura genética, mientras que para Gnamptogeys bisulca se encontró la formación de dos clústers, lo cual demuestra la presencia de una estructura genética en la zona de estudio, no tanto relacionada con los accidentes geográficos. Los datos colectados aquí demuestran que las modificaciones del paisaje han disminuido la frecuencia de flujo génica entre los parches de bosque, hábitat de Gnamptogeys bisulca, mientras que esta misma fragmentación al parecer no afecta la movilidad de Ectatomma ruidum. Lo anterior conduce a deducir que la fragmentación del paisaje puede tener efectos diferenciales entre especies y que dependerán de su historia natural.
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    Identificación de microsatélites polimórficos por ampliación cruzada en anadara similes (mollusca: Arcidae) [recurso electrónico]
    (2015-02-11) Gil Saavedra, Julián Andrés
    Los microsatélites son marcadores moleculares usados con frecuencia en estudios de genética de poblaciones, aunque su desarrollo es un proceso costoso y prolongado. Un método que permite ahorrar tiempo y dinero es la amplificación cruzada, que consiste en amplificar el ADN de una especie determinada (especie objetivo) utilizando cebadores diseñados para una especie cercana (especie fuente). Usando este método se evaluó en Anadara similis el contenido informativo de 24 loci microsatélites, desarrollados en Anadara tuberculosa. Para ello, se estandarizó la extracción de ADN de A. similis y se probaron diferentes protocolos de amplificación en PCR. Los resultados fueron observados en geles de poliacrilamida, analizados con el software UVIpro versión 12.4 y GenAlEx 6.5. Cinco cebadores resultaron adecuados para amplificar consistentemente microsatélites polimórficos en A. similis. Los loci polimórficos mostraron un promedio de 22,8 alelos por locus, una heterocigosidad esperada (He) entre 0,855 y 0,964, una heterocigosidad observada (Ho) entre 0,346 y 0,800. Solo se encontró un locus en Equilibrio Hardy-Weinberg (EHW). Estos resultados muestran la utilidad de la amplificación cruzada con estos cebadores para futuros estudios de genética poblacional en esta especie.