Examinando por Materia "PCR"

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    Análisis molecular de hongos antagonistas aislados de plantaciones de cacao (Theobroma cacao) de Norte de Santander.
    (Universidad del Valle, 2021-05-18) López Barrera, German Luciano
    Las técnicas de biología molecular se han utilizado con el fin de obtener marcadores genéticos especie específicos, encontrar diferencias polimórficas y proporcionar la información necesaria para la identificación de secuencias nucleotídicas relacionadas con factores de patogenicidad en especies relacionadas con el control biológico. En la actualidad el control biológico se considera indispensable en las estrategias de agricultura sostenible con base agroecológica en los cultivos interés creciente en Colombia como el cacao (Theobroma cacao L.). Analizar molecularmente diferentes cepas de hongos antagonistas con potencial biotecnológico con el fin de dilucidar similitudes genómicas y la búsqueda de fragmentos de ADN relacionados con factores de patogenicidad. Se estandarizó la técnica de RAPDs, mediante el uso de 10 iniciadores, así mismo se amplificó el gen pr1 mediante la técnica de PCR usando 6 pares de iniciadores. Se logró una clasificación inicial de la población de hongos antagonistas y así mismo se demostró la diversidad de los aislados. Además, se logró amplificar tres genes de las cepas Beauveria bassiana, Trichoderma yunnanense y Purpureocillium lilacinus, que resultaron codificar para una familia de proteasas destinadas a ejercer actividad antagonista contra un amplio rango de hospederos. Se pudo inferir que las cepas en estudio son buenos candidatos iniciales para formulación de biopreparados destinados al control biológico de organismos plaga en cultivos de interés agrícola en la región, debido a que se encontraron rasgos y genes que permitirán ejercer una amplia acción antagónica.
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    Comparación de métodos diagnósticos en la infección por Helicobacter pylori en Quindío, Colombia.
    (2013-09-20) Moncayo, José Ignacio; Santacruz, Jorge Javier; Álvarez, Ada Lucy; Franco, Beatriz; López, Manuel Alfonso; Ángel, Alberto; Gallego, Martha Lucía; Serrano, Herman
    Introducción: El Helicobacter pylori es un bacilo gramnegativo que infecta la mucosa gástrica de más de la mitad de la población mundial; causa gastritis, enfermedad ulcero-péptica, y se asocia tanto con carcinoma gástrico como con linfoma gástrico (MALT). Objetivo: Comparar el índice de desempeño de los métodos de diagnóstico de rutina y la PCR para establecer por definición de caso la prevalencia de infección por H. pylori en pacientes con enfermedad acido-péptica en Quindío. Metodología: A 73 pacientes se les tomaron seis biopsias de cada uno, una antral para la PCR-ureC, tres para cultivo (antral, cuerpo y fondo gástricos), otra antral para prueba rápida de ureasa (PRU) y ésta junto con una del cuerpo para el examen histológico. Se determinó el índice de desempeño de cada uno de los métodos. Para el diagnóstico decisivo de la infección se consideró como definición de caso (H. pylori positivo) el cultivo positivo o la concordancia de por lo menos dos métodos de diagnósticos positivos (examen histológico, PRU y PCR). Resultados: El examen histológico del antro fue positivo en 79.5% (58/73) y en cuerpo 82.2% (60/73); la combinación de los resultados de las dos biopsias del estudio histológico fue 94.5% (69/73). Los cultivos de las tres biopsias mostraron idéntico resultado en 75.4% (55/73); la combinación de los resultados del cultivo en las tres biopsias fue 86.3% (63/73). La PRU en biopsia antral fue positiva en 79.5% (58/73) y la PCR-ureC de biopsia antral fue 86.3% (63/73). De acuerdo con la definición de caso la prevalencia de la infección por H. pylori fue 97.3 % (71/73). Al comparar los resultados de cada método frente al obtenido por definición de caso, el examen histológico, el cultivo, la PCR y PRU presentaron 2, 8, 8, y 13 falsos negativos, respectivamente, pero no hubo falsos positivos. Los índices de desempeño (ID) para cada método fueron: Cultivo: ID, 78.1% y 88.7% de sensibilidad, resultado idéntico para las tres biopsias (antral, cuerpo y fondo); PRU: ID, 82.2% y sensibilidad 81.7%. Examen histológico: ID, 87.0% y sensibilidad 86.6%, en la biopsia antral e ID, 89.9% en cuerpo y sensibilidad 90.9%. Y la PCR-ureC con ID. 89.0% y sensibilidad 88.7%. Al combinar los resultados de los cultivos en las tres biopsias se aumentó su ID a 89.0% con sensibilidad de 88.7% y el estudio histológico de las dos biopsias también mostró un incremento a 97.3% con sensibilidad de 97.2%. El ID en la histología mostró diferencias significativas frente a los otros métodos. Conclusión: Para el diagnóstico final de infección por H. pylori se puede utilizar el concepto de definición de caso, lo que permite establecer una prevalencia real de la infección que es superior a la detectada por los métodos individuales. Además, si no es posible emplear el concepto de definición de caso se recomienda el examen histológico por lo menos en dos biopsias (antral y cuerpo). Introduction: Helicobacter pylori is a gramnegative bacterium that colonizes the gastric mucosa, and infects more than half of the worldwide population, causing gastritis and ulcer-peptic disease and being associated with gastric carcinoma and gastric lymphoma (MALT). Objective: To compare the performance index of techniques of routine diagnosis and PCR in order to establish by case definition the prevalence of infection by H. pylori in patients with gastroduodenal disease in Quindío. Methodology: In 73 patients were taken six biopsies. One antral for the PCR-ureC, three for culture (antral, body and fundus), other antral for rapid urease test (RUT). The previous were united to one of the body for histological examination. The performance index was established for each of the methods. For definitive diagnosis of the infection we used the case definition (positive H pylori) was used: A patient was classified as H. pylori positive with isolation of bacteria in culture or based on the agreement of at least two positive tests (histological examination, RUT and PCR). Results: The histological examination was positive 79.5% (58/73) in antral biopsy and in body 82.2% (60/73) and the combination of both biopsies was 94.5% (69/73). Culture assessment in the three biopsies showed identical results, 75.4% (55/73) and by combination all biopsies were 86.3% (63/73). The RUT in antral biopsy was 79.5% (58/73) and for PCRureC of antral biopsy was 86.3% (63/73). The prevalence for H pylori infection was 97.3% (71/ 73) in accordance with the case definition. The comparison of the results of each method in front of the result by case definition, the histological examination, culture, PCR and RUT presented 2, 8, 8, and 13 false negative in their order and none presented false positives. Performance indexes (PI) for each method were: Culture, 78.1% with sensibility, 88.7%, and identical results in three biopsies. The RUT, had 82.2% and 81.7% of sensibility. The histological examination was 87.0% with 86.6% of sensibility in antral biopsy and 89.9% in body biopsy with sensibility of 90.9%. And PCR-ureC had 89.0% with sensibility, 88.7% The combination of the results for the three biopsies for culture increased their PI to 89.0% with sensibility of 88.7%. The combination of results of the two biopsies in the histological examination also showed PI increased of 97.3% with sensibility of 97.2% and showed significant differences in front of the other methods. Conclusion: For the definitive diagnosis of H pylori infection it should use the case definition concept which allows establishing the real prevalence of the infection being higher than detected by the individual methods. Additionally, if it is not possible to utilize the case definition concept, is recommended the histological examination in two biopsies (antral and body).
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    Infección con Sarcoptes scabiei (Acari: Sarcoptidae) en conejos (Oryctolagus cuniculus): estudio de caso.
    (Universidad del Valle, 2017-06-30) Sohail Sajid, Muhammad; Ahsan Naeem, Muhammad; Kausar, Asma; Jawad Ul-Hassan, Muhammad; Kashif Saleemi, Muhammad; Sociedad Colombiana de Entomología - Socolen; Universidad del Valle
    A partir de una sospecha de sarna sarcóptica en tres de cinco conejos albinos europeos (Oryctolagus cuniculus), mantenidos con fines experimentales, se hizo un examen general que reveló áreas multifocales de alopecia alrededor de los ojos, las fosas nasales y los labios. Se procesaron cortes de piel y un análisis de PCR con el objeto de identificar los ácaros. La histopatología de los cortes de piel mostró epidermis erupcionada y estrato córneo con una infiltración de células inflamatorias. El raspado o frotis de piel reveló la presencia de ácaros tanto en adultos como en huevos. Al examen microscópico, los ácaros adultos fueron identificados como Sarcoptes (S.) scabiei (Acari: Sarcoptidae). El análisis de muestras de los tres casos por PCR reveló una banda de 311 pb confirmando la infestación de S. scabiei en los conejos. La infección en conejos con S. scabiei puede representar un problema de salud pública de transmisión indirecta debida a la manipulación de conejos infestados. Hasta la presente, este es el primer reporte de infección por S. scabiei en conejos de Pakistán.
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    Reacción en cadena de la polimerasa y diagnóstico molecular.
    (2012-04-23) Villegas, Victoria Eugenia; Sánchez, Magda Carolina; Chuaire, Lilian
    La PCR, acrónimo de la reacción en cadena de la polimerasa, revolucionó el campo del diagnóstico molecular, hasta el punto de que en la actualidad representa el segmento de mayor crecimiento en los laboratorios clínicos del mundo entero, en los que se ha convertido en herramienta de invaluable utilidad. El presente escrito describe los fundamentos de la metodología, así como algunas de sus múltiples aplicaciones en la diagnosis, desde sus albores hasta el presente.PCR, acronym of polymerase chain reaction, has revolutionized the field of molecular diagnostics to the point that it currently represents the fastest-growing segment in clinical laboratories worldwide, where it has become an invaluable tool. This paper describes the fundamentals of PCR and its developments in some of its many applications in the diagnosis, from its beginnings to the present.
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    Real time PCR. Application in dengue studies.
    (2011-11-09) Prada Arismendy, Jeanette; Castellanos, Jaime E.
    PCR (polymerase chain reaction) is a routinely used tool in every diagnostic and research laboratory. This technique has been used in detection of mutations and pathogens, forensic investigation, and even is the base tool for human genome sequencing. A modification of PCR technique, real time PCR, allows the quantification of nucleic acids with higher sensibility, specificity and reproducibility. This article is intended to clarify the foundations of real-time PCR, using an application model for virology. In the actual work, it was quantified the viral load of dengue virus serotype 2 produced from infected murine macrophages; the obtained results in this work established that murine strain BALB/c presents a greater susceptibility to dengue virus infection, which establishes BALB/c murine strain as a best model of study for investigation of dengue virus infection physiopathology. La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es una herramienta usada de rutina en todos los laboratorios de diagnóstico e investigación. Esta técnica se utiliza en detección de mutaciones y patógenos, investigación forense, e incluso es la base para la secuenciación del genoma humano. Una modificación de la PCR, la PCR en tiempo real, permite la cuantificación de ácidos nucléicos con mayor sensibilidad, especificidad y reproducibilidad. Este artículo pretende revisar los principios de PCR en tiempo real y exponer un modelo de aplicación en virología en el que se cuantificó el número de copias virales producido a partir de macrófagos murinos infectados con virus dengue 2; los resultados obtenidos establecieron que la cepa murina BALB/c presenta una mayor susceptibilidad a la infección por virus dengue, lo que permite establecer esta cepa de ratones como un mejor modelo de estudio para la investigación de la fisiopatología de la infección por virus dengue.