En el presente trabajo se analizan los procesos argumentativos de docentes en formación inicial de ciencias naturales, a través de la realización de una práctica de laboratorio como pequeña investigación orientada al estudio de algunos contaminantes atmosféricos generados por hornos crematorios y sus efectos en seres vivos. Es un estudio cualitativo de carácter descriptivo y su metodología se divide en tres fases: identificación de dificultades o necesidades formativas de la producción escrita de textos argumentativos y la construcción de argumentos basados en el uso pruebas; planeación e implementación de la práctica de laboratorio como pequeña investigación y valoración de textos argumentativos y argumentos basados en pruebas. Los resultados de la presente investigación muestran que el empleo de actividades relacionadas con la metodología de la actividad experimental permite el desarrollo de la capacidad de argumentación, además de ser una estrategia innovadora y significativa. También se reconoce la riqueza que tiene el involucrar a las prácticas experimentales el uso de prototipos y que una vez estos son construidos y validados pueden ser utilizados en diferentes contextos y como herramienta para los docentes a la hora de abordar temáticas asociadas a la contaminación atmosférica.