Examinando por Materia "Bioinformatics"

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    PublicaciónAcceso abierto
    Bioinformática multifractal : Una propuesta hacia la interpretación no-lineal del genoma.
    (2015-05-11) Moreno, Pedro A.
    El primer borrador de la secuencia completa del genoma humano (GH) se publicó en el año 2001 por parte de dos consorcios competidores. Desde entonces, varias características estructurales y funcionales de la organización del GH han sido reveladas. Hoy en día, más de 2000 genomas humanos han sido secuenciados y todos estos hallazgos están impactando fuertemente en la academia y la salud pública. A pesar de esto, un gran cuello de botella llamado la interpretación del genoma persiste; esto es, la falta de una teoría que integre y explique el complejo rompecabezas de características codificantes y no codificantes que componen el GH como un todo. Diez años después de secuenciado el GH, dos trabajos recientes, abordados dentro del formalismo multifractal permiten proponer una teoría no-lineal que ayuda a interpretar la variación estructural y funcional de la información genética de los genomas. El presente artículo de revisión trata acerca de este novedoso enfoque, denominado: “Bioinformática multifractal”. Abstract The first draft of the human genome (HG) sequence was published in 2001 by two competing consortia. Since then, several structural and functional characteristics for the HG organization have been revealed. Today, more than 2.000 HG have been sequenced and these findings are impacting strongly on the academy and public health. Despite all this, a major bottleneck, called the genome interpretation persists. That is, the lack of a theory that explains the complex puzzles of coding and non-coding features that compose the HG as a whole. Ten years after the HG sequenced, two recent studies, discussed in the multifractal formalism allow proposing a nonlinear theory that helps interpret the structural and functional variation of the genetic information of the genomes. The present review article discusses this new approach, called: “Multifractal bioinformatics”.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Breve historia de la bioinformática.
    (2013-07-12) Franco, María Liliana; Cediel, Juan Fernando; Payán, César
    La bioinformática es el resultado de la unión indisoluble entre las tecnologías informáticas y las ciencias biológicas. Fue concebida en principio para resolver interrogantes como los siguientes: ¿cómo almacenar y organizar secuencias de ADN? ¿Cómo hallar intrones y exones en secuencias de ADN genómico? ¿Cuáles son las condiciones necesarias para la transcripción de un determinado gen? ¿Cómo conocer más acerca de la estructura de una proteína? ¿Cómo comparar secuencias de proteínas o predecir su estructura? En esta era postgenómica, la adquisición de nuevas y mejores herramientas computacionales ha hecho posible que la bioinformática se convierta en pieza clave para aplicaciones como filtro genético, diagnóstico molecular, hallazgo de nuevos fármacos y mejoramiento genético de cultivos. Bioinformatics appears as the result of the indissoluble marriage between informatics technology and life sciences. Although it was conceived in principle to resolve questions such as the following: How to store and organize DNA sequences? How to find introns and exons in genomic DNA sequences? What conditions are required for the transcription of a specific gene? How learn more about the structure of a protein? How does it compare sequences of proteins or predict their structures?, currently the acquisition of new and improved computational tools has made it possible that bioinformatics will be key piece in applications such as genetic screening, molecular diagnosis, drug discovery and crop genetic improvement.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Remote-3DD : A New Remote Homology Detection Method that uses Physicochemical Properties.
    (Universidad del Valle, 2017-07-01) Oscar Fernando Bedoya Leiva
    (Eng) This article presents a new method for remote peer detection, called remote-3DD, which combines predicted contact maps and a distribution of the values ​​in the interaction matrices. The predicted contact maps are an approximation of the 3D shape of protein that can be obtained from its primary structure. For its part, an interaction matrix makes it possible to represent a protein from the physicochemical properties of the amino acids that make it up. Remote-3DD is proposed as a strategy to improve the accuracy of the remote-C3D method in which only contact maps are used. The hypothesis in this article is that the accuracy of the remote-C3D method can be improved by incorporating the distributions of the interaction matrix. The test results show that the remote-3DD method achieves higher accuracy than composition-based methods and in some cases comparable accuracy with profile-based methods. In addition, the tests show that the remote-3DD method, in general, exhibits higher accuracies than the remote-C3D method when using the same number of models and sub-matrix sizes.