Remote-3DD : A New Remote Homology Detection Method that uses Physicochemical Properties.
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Resumen en español
(Eng) This article presents a new method for remote peer detection, called remote-3DD, which combines predicted contact maps and a distribution of the values in the interaction matrices. The predicted contact maps are an approximation of the 3D shape of protein that can be obtained from its primary structure. For its part, an interaction matrix makes it possible to represent a protein from the physicochemical properties of the amino acids that make it up. Remote-3DD is proposed as a strategy to improve the accuracy of the remote-C3D method in which only contact maps are used. The hypothesis in this article is that the accuracy of the remote-C3D method can be improved by incorporating the distributions of the interaction matrix. The test results show that the remote-3DD method achieves higher accuracy than composition-based methods and in some cases comparable accuracy with profile-based methods. In addition, the tests show that the remote-3DD method, in general, exhibits higher accuracies than the remote-C3D method when using the same number of models and sub-matrix sizes.
Resumen en español
(Spa) En este artículo se presenta un nuevo método para la detección de homólogos remotos, llamado remote-3DD, que combina mapas de contacto predichos y una distribución de los valores en las matrices de interacción. Los mapas de contacto predichos son una aproximación de la forma 3D de proteína que se puede obtener a partir de su estructura primaria. Por su parte, una matriz de interacción permite representar una proteína a partir de las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos que la conforman. Remote-3DD se propone como una estrategia para mejorar la exactitud del método remote-C3D en el cual se utilizan solamente mapas de contacto. La hipótesis que se plantea en este artículo es que se puede mejorar la exactitud del método remote-C3D al incorporar las distribuciones de la matriz de interacción. Los resultados de las pruebas muestran que el método remote-3DD alcanza una exactitud mayor que los métodos basados en composición y en algunos casos una exactitud comparable con los métodos basados en perfiles. Además, las pruebas permiten demostrar que el método remote-3DD, en general, presenta exactitudes mayores que el método remote-C3D cuando se utiliza la misma cantidad de modelos y tamaños de submatrices.