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Determinación de variantes genómicas asociadas a errores innatos en el metabolismo de carbohidratos en el suroccidente colombiano

Resumen

Los EIM de los carbohidratos son producto de la interrupción de las vías catabólicas o anabólicas de diferentes carbohidratos, siendo la fructosa, galactosa y el glucógeno los más comunes y pertenecen a un grupo heterogéneo de trastornos que pueden ser heredados o pueden ocurrir como resultado de variantes genéticas espontánea. Los EIM de los carbohidratos que se pueden dividir en dos grupos; trastornos del transporte de glucosa y errores innatos del metabolismo de la fructosa, galactosa y trastornos que afectan el metabolismo del glucógeno, incluidas las enfermedades que perjudican la degradación del glucógeno pero también la formación del mismo. Actualmente la información sobre estas patologías en Colombia es poca y no se cuenta con datos exactos de prevalencia e incidencia. Con el objetivo de determinar las variantes genómicas asociadas a errores innatos del metabolismo de los carbohidratos en una población del suroccidente colombiano sin diagnóstico clínico y/o paraclínico de este grupo de enfermedades, se realizó un estudio transversal, descriptivo, no experimental, con los resultados obtenidos de la secuenciación del exoma completo de 320 pacientes con diferentes patologías, sin sospecha clínica de EIM de los carbohidratos. Las variantes encontradas se clasificaron de acuerdo con los estándares del Colegio Americano de Genética Médica y genómica, usando las bases de datos poblacionales y softwares bioinformáticos para predecir la significancia clínica de las diferentes variantes. Se calculó́ la frecuencia alélica de cada variante y se desarrollaron unas redes de interacción para cada gen asociado a EIM de los carbohidratos. Como resultado, se encontraron 286 variantes, de las cuales 206 no se han reportado previamente en la literatura, 73 variantes de significancia benigna o probablemente benigna, 6 variantes de significado incierto en los genes GALT, GAK1, ALDOB, GAA y SLC2A1, 1 variante de significancia patogénica en el gen GALT asociada a galactosemia clásica y no se encontraron variantes probablemente patogénicas. Los genes con mayor cantidad de variantes fueron GAA y GALK1, relacionados con enfermedad de Pompe y galactosemia tipo II y 1 variante está asociada a patogenicidad en el gen GALT. Entre las 286 variantes, se encontraron 51 variantes intrónicas (18%), 15 de tipo misensse (5%), 28 sinónimas (10%) y 67% no reportadas. Las redes de interacción de genes y moléculas permitieron conocer asociaciones entre los genes con funciones ontológicas compartidas y vía metabólicas cercanas. Nuestros hallazgos sobre las variantes genómicas en los genes asociadas a los EIM de los carbohidratos alertan a la comunidad médica sobre la presencia de variantes en la población del suroccidente colombiano para establecer programas de diagnóstico precoz. Esto permitirá un tratamiento específico para algunos de ellos, asociado a un manejo transdisciplinario que minimice la morbimortalidad atribuida a esta enfermedad, incluyendo un adecuado asesoramiento genética y educación el sobre riesgo de heredabilidad, realizando una medicina anticipatoria y preventiva, acercándonos a la medicina de precisión.