Los análisis de susceptibilidad a antimoniato de meglumina [Sb(V)] y miltefosina (HePC) en el contexto endémico de la transmisión (diferentes regiones geográficas, variables relacionadas con transmisión domiciliaria y selvática), mostraron variación en la susceptibilidad a los dos medicamentos entre especies de Leishmania, sub-poblaciones de cada especie y de acuerdo al origen geográfico. Se observaron cambios en la susceptibilidad a Sb(V) en dos focos durante diferentes espacios de tiempo influenciados por la prevalencia de infecciones causadas por dos poblaciones de L. panamensis distinguibles tanto por los zimodemas como por el fenotipo de susceptibilidad a Sb(V). El análisis de susceptibilidad por regiones reveló una mayor tolerancia a los fármacos en las poblaciones de Leishmania provenientes de las regiones ubicadas al oriente de la Cordillera de los Andes, independiente de la especie. Los resultados de susceptibilidad a HePC evidenciaron tolerancia primaria en una proporción de las poblaciones de parásitos de las especies L. braziliensis y L. panamensis y el análisis de pares de cepas aisladas antes y en el momento de falla terapéutica con HePC mostró que un ciclo de tratamiento puede conducir a la selección de parásitos con tolerancia secundaria o adquirida y contribuir a la falla al tratamiento.