El mercado actual se encuentra en constante evolución exigiendo a las empresas crecer de manera ordenada y controlada, buscando alcanzar el éxito y perdurar estables. Para lograrlo, existen sistemas de control interno como herramienta útil que fortalecen los procesos internos, aseguran los recursos y hacen más efectiva la gestión en el cumplimiento de los objetivos de la organización. El presente trabajo desarrollado en la empresa BONSANA IPS S.A.S, está enfocado en la elaboración del diseño de un sistema de control interno para los procesos de facturación y manejo de insumos y medicamentos. Al trazar los parámetros del diseño se identificaron ausencias de control que vulneran la estabilidad y crecimiento. Con base en el informe COSO se evaluaron y definieron los riesgos a los que se expone la empresa, las bases sobre las cuales intervenir los procesos a través de políticas y estrategias, creando manuales y procedimientos para cada actividad, además de plantear pautas de supervisión y monitoreo. Todo el contenido está dirigido al cumplimiento de los objetivos de la organización.