Resumen en español

La persistencia de infecciones endodónticas representa un desafío clínico frecuente que compromete la efectividad de los tratamientos. Aunque se reconoce el papel crucial de los microorganismos en estos casos, el conocimiento actual sobre su diversidad y comportamiento en tratamientos fallidos sigue siendo limitado. En este contexto, el estudio del microbioma oral ha cobrado relevancia, especialmente ante las limitaciones de los métodos bacteriológicos tradicionales, los cuales no permiten detectar microorganismos no cultivables. La técnica de metabarcoding, basada en la secuenciación del ADN ribosomal 16S rRNA, permite una identificación más precisa y profunda del microbioma; en este sentido, la integración del enfoque clínico con herramientas de análisis molecular ofrece nuevas perspectivas para el diagnóstico y tratamiento personalizado en endodoncia. Metodología: Estudio piloto transversal, observacional, descriptivo in vivo que tuvo como objetivo caracterizar el microbioma presente en dientes con periodontitis apical secundaria asintomática mediante técnicas de metabarcoding basadas en secuenciación de tercera generación (Nanopore®). Se analizaron seis muestras clínicas obtenidas de pacientes atendidos en el servicio de Posgrado de Endodoncia de la Universidad del Valle (Cali, Colombia), entre noviembre de 2024 y marzo de 2025. Resultados: Según el índice de riqueza de Chao, las muestras Barcode 29 y 30 presentaron la mayor cantidad de especies (aproximadamente 17), mientras que la muestra Barcode 26 fue la menos rica, con solo 7 especies. En cuanto a la diversidad, el índice de Shannon indicó que el Barcode 30 fue el más diverso con cerca de 12 especies de frecuencia media, seguido por Barcode 29 y Barcode 27; nuevamente, el Barcode 26 mostró la menor diversidad. El índice de Simpson, que considera las especies más dominantes, confirmó que el Barcode 30 conservó la mayor diversidad, mientras que los Barcode 28 y 26 evidenciaron una dominancia marcada de una sola especie. Los resultados revelaron una alta variabilidad y diversidad microbiana entre individuos, con predominio de especies pertenecientes a los filos Firmicutes, Bacteroidetes, Fusobacteria y Actinobacteria. Streptococcus oralis subsp. tigurinus, Veillonella parvula y Fusobacterium nucleatum fueron algunos de los taxones más frecuentes. Conclusión: Se concluye que las infecciones endodónticas secundarias no están asociadas a un patógeno único, sino a comunidades microbianas complejas y resistentes, lo cual subraya la necesidad de implementar estrategias terapéuticas más eficaces y personalizadas en endodoncia.