Examinando por Materia "Genómica"

Mostrando 1 - 4 de 4
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Genomic study of the critical region of chromosome 21 associated to Down syndrome.
    (2011-11-10) Montoya, Julio César; Soto, Juliana; Satizábal, José María; Sánchez, Adalberto; García Vallejo, Jesús Felipe
    Introduction: Previous reports have identified a region of chromosome 21 known as Down ayndrome critical region (DSCR) in which the expression of some genes would modulate the main clinical characteristics of this pathology. In this sense, there is currently limited information on the architecture of the DSCR associated. Objective: To obtain in silico a detailed vision of the chromatin structure associated with the evaluation of genomic covariables contained in public data bases. Methods: Taking as reference the information consigned in the National Center for Biotechnology Information, the Genome Browser from the University of California at Santa Cruz and from the HapMap project, a chromosome walk along 21 Mb of the distal portion of chromosome 21q arm was performed. In this distal portion, the number of single nucleotide polymorphisms (SNP), number of CpG islands, repetitive elements, recombination frequencies, and topographical state of that chromatin were recorded. Results: The frequency of CpG islands and Ref genes increased in the more distal 1.2 Mb DSCR that contrast with those localized near to the centromere. The highest level of recombination calculated for women was registered in the 21q22.12 to 22.3 bands. DSCR 6 and 9 genes showed a high percentage of methylation in CpG islands in DNA from normal and trisomic fibroblasts. The DSCR2 gene exhibited high levels of open chromatin and also methylation in some lysine residues of the histone H3 as relevant characteristics. Conclusion: The existence of a genomic environment characterized by high values of recombination frequencies and CpG methylation in DSCR 6 and 9 and also DSCR2 genes led us to postulate that in non-disjunction detected in Down syndrome, complex genomic, epigenetic and environmental relationships regulate some processes of meiosis. Introducción: Análisis previos han identificado una región del cromosoma 21, conocida como región crítica del síndrome de Down (DSCR) en donde se localizan algunos genes cuya expresión modularía las principales características clínicas de este síndrome. En este sentido, existe poca información detallada sobre la arquitectura de la cromatina asociada con la DSCR. Objetivo: Obtener in silico, a partir de la evaluación de covariables genómicas contenidas en bases de datos públicas, una visión detallada de la estructura cromatina asociada con la DSCR. Métodos: Tomando como referencia la información consignada en el National Center for Biotechnology Information, el Genome Browser de la Universidad de California en Santa Clara y el proyecto internacional HapMap, se efectuó un paseo cromosómico a lo largo de 21Mb de la porción distal del brazo q del cromosoma 21, para registrar el número de polimorfismos de nucleótido único, el de islas CpG, de secuencias repetidas, las tasas de recombinación y el estado topológico de la cromatina asociada. Resultados: La frecuencia de islas CpG y de genes referenciados se incrementó en los últimos 1,2 Mb de la región distal en contraste con su distribución pericentromérica. La mayor tasa de recombinación calculada en este estudio para mujeres se registró en las bandas 21q22.13 y 21q22.3. Los genes DSCR 6 y 9 presentaron un elevado grado de metilación en islas CpG tanto en fibroblastos normales como en trisómicos. En el gen DSCR2 se observó un alto grado de descondensación cromatínica, además de metilación de diferentes residuos de lisina de la histona H3. Conclusiones: La existencia de un ambiente genómico caracterizado por tener elevadas tasas de recombinación y de metilación de genes DSCR 6 y 9, permite postular que en la no disyunción asociada con el SD, operarían complejas interacciones genómicas, epigenéticas y ambientales que actuarían en algunos procesos meióticos.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Genómica comparativa de las variantes exómicas de pacientes con MPS IV-A y su frecuencia poblacional en una muestra del suroccidente colombiano
    (Universidad de Valle, 2018) Moreno Giraldo, Lina Johanna; Sanchez Gomez, Adalberto
    La Mucopolisacaridosis tipo IV-A (MPS IV) o Síndrome de Morquio-A, es una enfermedad hereditaria autosómica recesiva causada por un defecto genético que genera deficiencia de la enzima N-acetil-galactosamina-6-sulfato-sulfatasa (GalNAc-6-sulfatasa, GALNS E.C.3.1.6.4), lo que lleva a una acumulación de C6S y KS en tejidos y órganos; esta acumulación conduce a anormalidades musculoesqueléticas severas, baja estatura, problemas cardíacos, respiratorios, pérdida auditiva, de visión y afectación de múltiples órganos y sistemas conllevando a una alta morbilidad y mortalidad. La incidencia promedio estimada de esta enfermedad en la población mundial está alrededor de 1 caso por cada 50 a 100 mil habitantes; La Mucopolisacaridosis tipo IV es la más frecuente en Colombia 0,68 casos por 100.000 nacidos vivos, sin embargo actualmente no se conoce exactamente la prevalencia ¿ carga poblacional de esta patología en nuestro país. El estudio de enfermedades mediante técnicas como la genómica comparativa, ha permitido un análisis completo del genoma o de la parte codificante del mismo, el exoma, mediante una variedad de herramientas bioinformáticas lo cual ha llevado a entender mejor la estructura, función y procesos evolutivos que actúan sobre los genes humanos, su incidencia y prevalencia, la predicción de genes así como el descubrimiento de nuevos elementos del genoma, con el objetivo de crear nuevas estrategias de tratamiento, y avanzar en nuestro conocimiento de los mecanismos generales de la evolución y predicción de estas patologías. De esta manera, el objetivo del presente trabajo se basó en la realización de genómica comparativa de las variantes exómicas de pacientes con MPS IV-A y su frecuencia poblacional en pacientes del Suroccidente Colombiano.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    La genómica nutricional : un nuevo paradigma de la investigación de la nutrición humana.
    (2013-12-02) García Vallejo, Jesús Felipe
    La relación entre la dieta y la salud es un hecho que ha sido ampliamente demostrado; sin embargo, existe un interés creciente en cuáles de los componentes de la dieta son biológicamente activos y cómo ellos ejercen su efecto funcional. Estas preguntas han sido ejes centrales del desarrollo de la genómica nutricional. Así, la genómica nutricional es la aplicación de las tecnologías utilizadas en la funcional para entender, a nivel genómico, el efecto que tienen los alimentos. Una de las preguntas más comunes en nutrición es ¿Qué y cómo comer? La aceptada individualidad metabólica que se ha predicado en los últimos años, impide que se pueda dar una respuesta general. Actualmente se sabe que el genoma es individualizado y que la expresión de su contenido informacional es un universo único, que depende no sólo de factores exógenos sino que es modulado de manera muy compleja por múltiples factores endógenos. Es pues un reto de conocimiento el comenzar a definir cuáles son las variables que intervienen para poder tener una dieta acorde con cada individuo. En este sentido, la genómica nutricional (o nutrigenómica), plantea el estudio del efecto de los alimentos a nivel molecular y genético. En tal contexto, el proyecto del genoma humano provee herramientas para poder entenderla y se convierte en un nuevo paradigma de la investigación en nutrición humana. The link between diet and health is well established, however, renewed interest in which dietary components are biologically active and how they exert their functional effects is being fuelled by the development of nutritional genomics. Nutritional genomics is the application of high throughput functional genomic technologies in nutrition research. One of the most common questions in nutrition is: What to eat and how do it? The accepted metabolic individuality that has been proposed during the last years permitted to address these and other questions. Actually we know that the genome is individualized and the expression of its informational background is also unique; however, it is influenced by several exogenous factors and internally is controlled by several regulating factors that form complex nets of genes which interact among them. In this sense is a real challenge to explore what are the variables that play fundamental roles in the expression of the informational content of genome. Nutritional genomics introduce to the analysis of the effects of foods on the expression at molecular and gene levels. Thereby the knowledge of the human genome project is giving tools to enable us to understand better many biological aspects of the nutrition promoting the development of a new paradigm in nutritional research.
  • Miniatura
    PublicaciónAcceso abierto
    Identificación y análisis de regiones genómicas asociadas con susceptibilidad a enfermedad de Alzheimer
    (Universidad del Valle, 2023) Perdomo Díaz, Vivian Andrea; Barreto, Guillermo
    El envejecimiento continuo de la población, como consecuencia del aumento en la expectativa de vida, ha sido asociado con un aumento en la incidencia de enfermedades crónicas tales como diabetes, cáncer, desórdenes cardíacos y neurológicos entre los cuales la Enfermedad de Alzheimer (EA) es el más común, representando del 50% al 70% de todos los casos de demencias. La genética de la enfermedad de Alzheimer de inicio tardío es compleja debido a la naturaleza heterogénea de este trastorno. Entre los factores de riesgo más importantes para la EA se encuentran genes que se expresan en vías metabólicas relacionadas con el sistema nervioso. Aunque el gen APOE, y, específicamente su variante APOE*4 representa el factor de riesgo genético más fuerte para la EA, los estudios genético moleculares han identificado más de 30 loci adicionales, donde cada uno aporta un efecto relativamente pequeño. Los loci conocidos asociados con EA explican solo alrededor del 30% de la variación génica, por lo tanto, gran parte de esta gama de variantes genéticas permanece sin identificación y sin explicación. Con el objetivo de caracterizar genes asociados a susceptibilidad de Enfermedad de Alzheimer (forma esporádica) y alteración metabólica, este capítulo se basó en el estudio de variantes patogénicas con carga mutacional de impacto proteico, halladas en los genes de pacientes con Alzheimer. El APOE como gen crucial fue analizado junto a otras moléculas donde fue validado su efecto como biomarcadores potenciales en el diagnóstico de Alzheimer para población colombiana. En total fueron secuenciados 14 exomas (10 de pacientes con EA y 4 controles – personas sin diagnóstico de EA). Los 10 pacientes fueron caracterizados previamente para el gen APOE a objeto de asegurar la presencia de la variante APOE4 al menos en heterocigosis. Fueron clasificados 537 genes con variación patogénica, de los cuales 150 fueron representados en los exomas de pacientes estudiados. Los diferentes métodos de enriquecimiento bioinformático como el ClinVar (Variantes Clínicamente Relevantes) y la base de datos funcional KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), determinaron que vías o procesos importantes relacionados al desarrollo o progresión de Alzheimer, podrían estar involucrados con estos genes. Al caracterizar estas biomoléculas se obtuvo conocimiento sobre las funciones etiológicas en la enfermedad. La presencia de múltiples genes activos en cerebro, sangre y demás tejidos, puede proporcionar la explicación mediante la cual la acumulación de amiloide-β desencadena la etiología patológica. Todos estos análisis permitieron identificar regiones de susceptibilidad genética asociada a marcadores metabólicos en la población con enfermedad de Alzheimer y también, que no se halla un solo gen responsable de la aparición de Alzheimer, sino de grupos de genes que inciden en múltiples vías que al final desencadenan la patología.