En este trabajo se plantean los pasos metodológicos necesarios para realizar cualquier proyecto de investigación participativa con perspectiva de género en el manejo de cuencas hidrográficas, especialmente cuando intervienen diversas comunidades étnicas en el país, tales como afrodescendientes, indígenas residentes en resguardos y parcialidades, campesinos mestizos, y comunidades urbanas, cuyos territorios estén atravesados por cuencas hidrográficas. Se construye una estrategia metodológica que aborda todas las etapas y fases de este tipo de proyecto, desde la construcción de marcos conceptuales, pasando por la motivación para la participación de las comunidades, hasta el desarrollo del proyecto en cuestión en su totalidad.