Examinando por Materia "Biomarcadores"

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    PublicaciónAcceso abierto
    An understanding of the prostate cancer pathophysiology for identification of biomarkers that support an early diagnosis
    (Universidad de Valle, 2018) García-Perdomo, Herney Andrés; Sanchez Gomez, Adalberto
    Prostate Cancer (CaP) is a condition whose etiology is multifactorial, it goes through genetic, infectious, as well as environmental, among others. Currently, PCa represents the most frequent cancer among men and the second in mortality, however, there are still multiple gaps in the knowledge of this condition. One of them is related to a molecular biomarker that allows early and accurate diagnosis of PCa. We have the Prostate Specific Antigen (PSA), however, its diagnostic performance alone is very low, and it must always be associated with digital rectal examination to obtain the best of both diagnostic methods.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Análisis transcriptómico y neurocognitivo de pacientes con enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson de la ciudad de Cali, Colombia
    (Universidad del Valle, 2025) Villegas, Lina Maria; Cardona, Juan Felipe; VIREM-VIRUS EMERGENTES Y ENFERMEDAD
    Introducción: La Enfermedad de Alzheimer (EA) y la Enfermedad de Parkinson (EP) son trastornos neurodegenerativos con alteraciones moleculares convergentes, como la acumulación de proteínas mal plegadas, neuroinflamación y disfunción sináptica. Existe una brecha de conocimiento en poblaciones genéticamente diversas, como la latinoamericana. Este estudio se realizó en Cali, Colombia, una población con alta heterogeneidad genética y psicosocial, con el objetivo de generar una comprensión más contextualizada de estas patologías. Objetivo: Identificar genes diferencialmente expresados (DEGs) en sangre periférica asociados a alteraciones neurocognitivas en pacientes con EA y EP, integrando perfiles clínicos, transcriptómicos y de ancestría genética. Materiales y Métodos: Se reclutaron dos cohortes: EA (n=14 pacientes, n=28 controles) y EP (n=12 pacientes, n=24 controles). A todos los participantes se les realizó una evaluación neuropsicológica, funcional y clínica. La expresión génica se analizó mediante secuenciación de ARN (RNA-Seq) en la plataforma Illumina NovaSeq 6000. El análisis bioinformático incluyó la identificación de DEGs con DESeq2, análisis de enriquecimiento funcional y teoría de redes de co-expresión. La ancestría genética se determinó utilizando marcadores informativos de ancestría (AIMs) y se estimaron las proporciones triétnicas (europea, africana, amerindia) mediante Análisis de Componentes Principales (PCA). La integración de datos clínicos y transcriptómicos se realizó mediante modelos de regresión multivariante Sparse Partial Least Squares (sPLS). Resultados: En la cohorte de EA se identificaron 399 DEGs (378 sobreexpresados, 21 subexpresados), incluidos genes relevantes como MMP2 y TUBB3, enriquecidos en vías de guía axonal, respuesta inmune y señalización MAPK. El modelo sPLS identificó 40 genes con alto valor predictivo. En la cohorte de EP, se destacaron genes como CAVIN1, CCN1, ID1, TUBB3 y MMP2, asociados a señalización de GTPasas y respuesta al estrés. El modelo sPLS para EP arrojó 10 genes discriminativos. El análisis multivariado mostró asociaciones significativas entre los perfiles de expresión génica y el deterioro cognitivo en ambas cohortes. El análisis de ancestría reveló una composición triétnica en ambos grupos, con predominio europeo. La cohorte de EA mostró mayor dispersión genética, mientras que la EP fue más homogénea, sugiriendo una posible influencia de la ancestría en los perfiles moleculares observados. Conclusión: Este estudio pionero demuestra la utilidad de integrar datos multi-ómicos y de ancestría en una población subrepresentada para caracterizar la EA y la EP. Aunque exploratorio, identifica firmas transcriptómicas específicas asociadas al deterioro cognitivo y plantea el potencial impacto de la heterogeneidad genética ancestral en la fisiopatología de estas enfermedades. Los hallazgos sientan las bases para futuras investigaciones con mayor poder estadístico y diseño longitudinal, orientadas hacia la medicina de precisión en contextos de diversidad latinoamericana.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Biomarcadores de respuesta al tratamiento con antimoniales y mecanismos moleculares que controlan la supervivencia intracelular de Leishmania en macrófagos humanos
    (Universidad de Valle, 2018) Vargas González, Deninson Alejandro; Gómez, María Adelaida
    El control de la leishmaniasis cutánea (LC) para las Américas recae principalmente en el tratamiento antimonial. Sin embargo, la evaluación de la respuesta terapéutica presenta grandes limitantes, pues esta se determina hasta 6 meses después de haber iniciado el tratamiento, como un parámetro netamente clínico. Sumado esto a los reportes de falla terapéutica que oscilan entre un 20-30% para nuestra región y la alta toxicidad de la droga, colocan de manifiesto la necesidad de contar con biomarcadores de respuesta que permitan optimizar el seguimiento y el tratamiento de los pacientes con LC. Considerando lo anterior, este estudio se enfocó, desde la perspectiva del hospedero, en la identificación de biomarcadores de respuesta terapéutica en una cohorte retrospectiva de pacientes con LC que curaron y fallaron al tratamiento antimonial. Como estrategia experimental para la identificación de biomarcadores de respuesta terapéutica se optó por el uso de herramientas -ómicas¿ como la transcriptómica y la metabolómica, para identificar aquellos perfiles de expresión génica y metabólicos relacionados con la cura o la falla al tratamiento antimonial. Los perfiles transcriptómicos realizados en macrófagos primarios obtenidos de los pacientes que curaron y fallaron (n= 3/grupo), permitieron evidenciar una respuesta diferencial frente a la infección y la adición del antimonio. Los macrófagos obtenidos de los pacientes que curaron mostraron perfiles de expresión génica relacionados con una respuesta pro-inflamatoria mediada principalmente por los interferones tipo I. Por el contrario, los macrófagos obtenidos de los pacientes que fallaron mostraron una respuesta de cicatrización de heridas mediada principalmente por la vía de señalización del TGF-ß. Adicionalmente, las metalotioneínas, única categoría de ontología génica significativamente inhibida en los macrófagos obtenidos de los pacientes que fallaron, se validaron funcionalmente in-vitro como potencialmente a través de la unión del antimonio y su transporte al fagolisosoma favoreciendo la eliminación del parásito a nivel intracelular. Por otro lado, los perfiles metabólicos realizados en muestras de plasma tomadas pre y post-tratamiento, de los pacientes con LC que curaron y fallaron (n=39), permitieron postular 4 metabolitos como potenciales biomarcadores tanto predictores como pronósticos de respuesta terapéutica, la alantoína, la taurina, la N-acetilglutamina y el piruvato (AUC > 0.7, para todos). Adicionalmente, la alantoína mostró un efecto potenciador de la actividad leishmanicida del antimonio, evaluado en células mononucleares de sangre periférica de pacientes in-vitro, resaltando su potencial uso en co-terapias con el antimonio. Finalmente, este estudio sienta las bases para futuros estudios de validación de biomarcadores de respuesta terapéutica en el contexto de la LC y muestra como el uso de las metodologías -ómicas¿ en enfermedades olvidadas permiten avanzar en el entendimiento de la enfermedad y el tratamiento.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Cistitis intersticial/síndrome de vejiga dolorosa : ¿Qué hay de nuevo para su diagnóstico?.
    (2013-10-04) Paz Rojas, Juan Fernando; García Perdomo, Herney Andrés
    La Cistitis intersticial/Síndrome de Vejiga Dolorosa representa un desafío diagnóstico y terapéutico tanto para el médico general como para el especialista. Esta gran dificultad para hacer un adecuado diagnóstico se debe a la falta de una etiología clara, además que no se cuenta con un método diagnóstico con adecuada sensibilidad y especificidad, y solo se puede llegar al diagnóstico por medio de exclusión de otras patologías. El síntoma cardinal es el dolor vesical que es la principal causa de consulta en los pacientes al igual que la urgencia urinaria. El objetivo de la presente es realizar una revisión de la literatura en el tema con principal énfasis en los nuevos marcadores para el diagnóstico de ésta entidad.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Citrato sintasa, citocromo C oxidasa y eNOS como biomarcadores de función placentaria en un grupo de primigestantes diagnosticadas con preeclampsia
    (Universidad del Valle, 2015) Vela Prieto, Cesar José; Aguilar de Plata, Ana Cecilia; Castillo Giraldo, Andrés Orlando
    La preeclampsia (PE) es la mayor causa de restricción del crecimiento intrauterino y mortalidad perinatal. Se ha observado, que su etiología se encuentra relacionada con disfunción endotelial, deficiencia en la vascularización placentaria y alteraciones en la función mitocondrial entre otras. Objetivos: en el presente estudio se compararon los niveles de expresión de la proteína eNOS como biomarcador bioquímico de función endotelial; y las actividades de las enzimas citrato sintasa (CS) y citocromo c oxidasa (COX) como biomarcadores bioquímicos de función mitocondrial, en tejido placentario obtenido de un grupo de mujeres primigestantes diagnosticadas con preeclampsia vs. un grupo control.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Construcción de un modelo de interacción genético-metabólico basado en análisis bioinformático y correlaciones clínico-moleculares para la preeclampsia.
    (2019-10-22) Satizábal Soto, José Maria; García Vallejo, Jesús Felipe; Sánchez Gómez, Adalberto
    La Preeclampsia es la principal causa de morbimortalidad materna en el país -causando más del 42% de muertes- y permanece como una de las principales mundialmente. Es por este gran impacto que genera la PE y por su carácter complejo, que se hace necesaria una visión bioquímica, molecular y genómica integral, que permita explicar la patogénesis de la enfermedad y provea herramientas para su diagnóstico precoz. En este trabajo se construyó un modelo genético-metabólico de PE, basado en una simulación computacional y correlaciones clínico-moleculares. Para validar este modelo se tomaron 100 muestras de sangre periférica de dos grupos de mujeres embarazadas que ingresaron al servicio de Obstetricia del HUV: el primer grupo, de 50 muestras correspondientes a mujeres diagnosticadas con PE de acuerdo con los criterios internacionales, y el segundo grupo, formado por 50 con embarazo normal como controles. Se midieron los niveles sanguíneos de HCy y folatos mediante inmunoensayo de fluorescencia polarizada, y el perfil lipídico, Ácido Úrico, PCR y ACA mediante espectrofotometría. Se determinaron diferencias estadísticamente significativas para los niveles de PCR, Ácido úrico y ACA, siendo mayores en el grupo de mujeres con PE. En el estudio genómico de PE, mediante una simulación computacional, se analizaron niveles de expresión en placenta, de genes asociados a PE utilizando el z-score y sus interacciones proteicas. Para ello se aplicaron las redes de interacción, empleando el programa Cytoscape 3.2. De ésta se extrajeron los procesos biológicos más probables de la red; además se comparó la cromatina asociada a estos genes empleando recursos del NCBI y del Genome Browser UCSC. De los resultados derivados de éste análisis, se lograron identificar las proteínas codificadas por los genes ENG, LEP, TGFB1, NDRG1 y BCL6 como posibles biomarcadores de expresión en PE, además de confirmarse la angiogénesis alterada y apoptosis incrementada como unos de los procesos biológicos más afectados en el desarrollo de la enfermedad. Desde el enfoque sistémico, se compararon 76 muestras de mujeres preeclámpsicas y 96 de controles, extraídas de los datos de transcripción global de 14 mil genes consignados en el GEO a partir de experimentos con micromatrices de DNA.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Detección molecular de micrometástasis en el ganglio centinela en cáncer de mama estadio temprano: valor pronóstico [recurso electrónico]
    (2019-10-29) Sua Villegas, Luz Fernanda; Maestro de las Casas, María Luisa; Vidaurreta Lázaro, Marta; Macía Mejía, Carmenza
    La biopsia selectiva del ganglio centinela es el procedimiento de elección para la estadificación axilar del cáncer de mama y permite seleccionar un subgrupo de pacientes en las que la linfadenectomía no aporta ningún beneficio adicional. Se recomienda estudiar el ganglio centinela en su totalidad a fin de evitar sesgos de localización de las metástasis, por lo que la inclusión de técnicas moleculares para estudio, permite cumplir con esta meta. El objetivo de esta investigación fue desarrollar la metodología y técnica molecular requerida para el estudio de biopsias de ganglios centinela en cáncer de mama temprano (hasta 3 cm), empleando la expresión diferencial de los genes Mamaglobina y Citoqueratina 19 (CK19), mediante la RT-PCR (PCR transcriptasa reversa y qPCR (PCR en tiempo real). Durante el periodo de Octubre 2004 a Marzo 2010 se incluyeron en el estudio 301 pacientes del Hospital Clínico San Carlos de Madrid España (HCSC) en estadio I y II de cáncer de mama. A todas se les realizó la técnica quirúrgica del ganglio centinela, identificación de metástasis ganglionar por las técnicas histológicas convencionales, tales como: congelación, impronta, coloración de hematoxilina y eosina (H&E) e Inmunohistoquímica (IHQ). Se recolectaron muestras congeladas a -80°C para la extracción de RNA y el estudio molecular por RT-PCR y qPCR para los genes Mamaglobina y CK19. Los análisis estadísticos se realizaron empleando el software STATA 12.0. La asociación entre Mamaglobina y CK19 se determinó por la prueba exacta de Fisher. La validez diagnóstica: sensibilidad (S), especificidad (E), valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN) se determinaron con un nivel de confianza del 95%, donde la pruebas Gold estándar fueron H&E y la combinación H&E+IHQ. El análisis de supervivencia para la expresión de Mamaglobina y CK19 (RT-PCR y qPCR), H&E y la combinación H&E+IHQ se estimo por la prueba de Kaplan-Meier y las diferencias entre estas por el test de Log-Rank.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Efectos de la Paratohormona y su receptor en linfocitos B de pacientes con Lupus Eritematoso Sistémico y Síndrome de Sjögren : ¿Un nuevo mecanismo hormonal en el desarrollo de autoinmunidad?
    (Universidad del Valle, 2022) Ríos Serna, Lady Johana; Tobon, Gabriel; Bonelo Perdomo, Anilza
    La etiología y patogénesis de las Enfermedades Autoinmunes (EAs) son multifactoriales y complejas, en las cuales, diversos factores, incluyendo componentes genéticos, epigenéticos, ambientales y hormonales han sido relacionados con el inicio y progresión de dichas patologías. Dentro de los factores hormonales, los estrógenos, la prolactina y la testosterona han sido ampliamente estudiados. Por otra parte, altos niveles de la Paratohormona (PTH) en pacientes con hiperparatiroidismo primario, han sido asociados clínicamente con el desarrollo de algunas EAs. Dado que el impacto fisiopatológico de la PTH sobre el sistema inmune y el desarrollo de EAs no se ha dilucidado por completo, el objetivo del presente estudio fue evaluar la expresión del receptor de PTH (PTH1R) en los linfocitos B de pacientes con síndrome de Sjögren primario (SSp) y LES, y los efectos de la PTH en células B in vitro, con el fin de aportar en el entendimiento de los mecanismos hormonales como potenciales disparadores de autoinmunidad. En este estudio se evaluó la expresión diferencial del PTH1R en los linfocitos B obtenidos de sangre periférica de pacientes con LES (n=14), SSp (n=20) y controles sanos (HC, n=20) y la distribución de las subpoblaciones de linfocitos B maduros (Bm1-Bm5) que expresan el PTH1R, mediante análisis de citometría de flujo. Así mismo, se analizó la posible correlación entre la expresión del PTH1R y los índices de actividad clínicos de LES (SLEDAI) y el SSp (ESSDAI). Con el fin de determinar los efectos biológicos de la PTH sobre los linfocitos B, se realizaron análisis de proliferación, apoptosis, distribución de las subpoblaciones de linfocitos B, producción de inmunoglobulinas y vías de activación, luego de la estimulación por PTH sobre una línea celular de linfocitos B (Ramos). Al analizar la expresión del PTH1R en los linfocitos B, se encontró que los pacientes con LES expresaron mayor porcentaje de este receptor sobre su membrana (14.5%), comparado con los pacientes con SSp (4.6%), p=0.007; y HC (5%), p=0.003. Por otra parte, la distribución de las subpoblaciones que expresan PTH1R varió entre las cohortes. En pacientes con SSp, la expresión del PTH1R fue significativamente menor en la subpoblación Bm1 (20.2%) y mayor en la Bm2 (30.5%) y Bm2' (8.7%) mientras que en los HC fue de 39%, 18%, 1,7%; respectivamente (p=0.010, 0.05, 0.028, respectivamente). Adicionalmente, los pacientes con SSp que presentaron mayores niveles de PTH1R, tuvieron correlación con la actividad clínica determinada por ESSDAI (r=0.511, p=0.026). Estos hallazgos no se detectaron en pacientes con LES. En el análisis in vitro, las concentraciones más altas de PTH mantuvieron los linfocitos B en el fenotipo Bm3-4 durante 48 horas en el cultivo, en comparación con los linfocitos B no estimulados que se diferenciaron al fenotipo eBm5, p=0.03. No se observaron efectos in vitro sobre la proliferación, la apoptosis, la producción de inmunoglobulinas o activación celular. Estos resultados permiten concluir que la expresión del receptor PTH1R podría ser un biomarcador útil en LES y un marcador de actividad en SSp. Los efectos de la PTH sobre la modulación de las subpoblaciones de linfocitos B sugieren un papel potencial de la hormona en la fisiopatología de las enfermedades autoinmunes. Estudios in vivo, en modelos animales de autoinmunidad pudieran ayudar en el entendimiento de la PTH sobre el sistema inmune.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Validación del método de n-metil-2-fenil-indol en la cuantificación de malondialdehído como biomarcador de peroxidación lipídica en Pisum sativum por colorimetría.
    (2017-09-08) Restrepo Vega, María Juliana; Isaza Martínez, José Hipólito
    En el presente trabajo de investigación se llevó a cabo la validación del método de N-metil-2-fenil indol para cuantificar malondialdehído en Pisum sativum expuesta a cobre como biomarcador de peroxidación lipídica. En primer lugar se realizó la reacción entre el estándar de malondialdehído y 1,1,3,3 tetrametoxipropano evaluando la temperatura y tiempo de reacción citados en la literatura. Una vez obtenida la carbocianina producto de la reacción se determinó la longitud de onda a la cual se encontraba el máximo de absorción de la misma mediante un espectrofotómetro obteniéndose un máximo a 586 nm. De la cuantificación se obtuvo que había una cantidad de MDA significativamente diferente a la medida en las plantas control al ser estresadas con 5 mL de solución de sulfato de cobre pentahidratado 2,0 mM, es decir, que el efecto inducido por el cobre en el estrés oxidativo de la planta cuantificado a través de la reacción de peroxidación lipídica se hacía evidente con tal tratamiento. Mediante un anova de dos factores se determinó que tal tratamiento generaba una cuantificación significativamente diferente de las de las plantas control en el día octavo. Así, se obtuvo que expuestas a 4 mL de una solución 300 ¿g/mL de una fracción rica en flavonoides, las plantas estresadas a 2,0 mM retornaron a los valores de MDA en plantas donde no se indujo estrés oxidativo con cobre. De igual manera, plantas estresadas con cobre 2,0 mM al haber sido expuestas simultáneamente a una solución 400 ¿M de un compuesto tipo piridopirimida redujeron significativamente la cantidad de MDA producido. En ambos casos se verificó la capacidad inhibitoria de peroxidación lipídica, el resultado fue que tanto el compuesto de origen natural como el compuesto de origen sintético devolvieron las plantas al nivel de malondialdehído ó estrés oxidativo de los procesos metabólicos naturales de la planta (en ausencia de cobre). De la validación se obtuvo un rango lineal de 0,0078 - 1 mM mediante una prueba de correlación t student y un r2 de 0,9988. Se verificó parámetros como la linealidad obteniéndose correlación lineal mediante el anova de la regresión de la curva promedio de tres curvas de calibración realizadas en días diferentes. Se verificaron también la repetibilidad obteniéndose un coeficiente de variación total de 7,842%. La reproducibilidad se verificó mediante el análisis de dos curvas de calibración realizadas en diferentes días (bajo el mismo analista y en el mismo laboratorio) que fueron comparadas para verificar que no había diferencia significativa entre sus pendientes e interceptos. La sensibilidad se mejoró en el proceso de validación en un factor de doce veces respecto a la curva de calibración inicial. Se concluyó que el método de cuantificación de malondialdehído mediante la reacción de N-metil-2-fenilindol es satisfactorio para medir malondialdehído como biomarcador de estrés oxidativo por peroxidación lipídica en Pisum sativum expuesta a cobre; el proceso de validación realizado lo constituye en un test rápido, fácil y sensible para este subproducto de la reacción de peroxidación lipídica. Se concluye que existe capacidad inhibitoria de peroxidación lipídica en moléculas extraídas de forma natural como los flavonoides de la fracción utilizada y en moléculas de origen sintético como el compuesto tipo piridopirimidina ácido 3-metil-2-metiltio-5-(4-metoxifenil)-4-oxo-3,4,5,8-tetrahidropirido[2,3-d]pirimidin-7-carboxílico.