Resumen en español

En este documento se presenta una propuesta para desarrollar e implementar una metodología para la construcción de una matriz de sustitución generalizada para alfabetos arbitrarios que describen secuencias biológicas. El desarrollo de esta propuesta se realiza mediante el seguimiento de un conjunto de pasos que van desde el entendimiento conceptual del problema, el desarrollo de la metodología, y la implementación de los algoritmos correspondientes que permitan la construcción de una matriz de sustitución generalizada, la cual se utilizará en un algoritmo de alineamiento que sirva para probar algunos casos de estudio. A partir de la base de datos BLOCKS se obtuvieron nuevas bases de datos que representan tuplas y tripletas formadas a partir de las secuencias de proteínas pertenecientes a cada uno de los bloques. Mediante el uso del algoritmo BLOSUM se obtuvieron matrices de sustitución generalizadas mostrando así que es posible desarrollar una metodología y construirlas mientras se tenga claridad sobre el alfabeto que se va a utilizar.